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sijifengsd银虫 (小有名气)
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[交流]
【求助】怎样延伸一个Gromacs作业
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各位高手： 小弟在做动力学模拟，Gromacs运行了10ns,但是感觉结果不好，还想接着在做10ns，我知道用tpbconv命令，但是对于具体要用到的文件不熟悉，请各位高手指点一下。。。 谢谢 [ Last edited by wuli8 on 2009-11-13 at 21:42 ] |
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sijifengsd
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3楼2009-08-12 09:58:11
★ ★ ★ ★ ★
yjcmwgk(金币+4,VIP+0):欢迎讨论 8-12 08:30
sijifengsd(金币+1,VIP+0):比较满意，但是还有点补明白 8-12 09:50
yjcmwgk(金币+4,VIP+0):欢迎讨论 8-12 08:30
sijifengsd(金币+1,VIP+0):比较满意，但是还有点补明白 8-12 09:50
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有两种方法 1 用你最终产生的gro文件为模拟初始构型进行模型，记得在mdp文件中将自动给原子分配速度关掉。如果最终想把两段模拟轨迹合并，也把初始开始时间在mdp文件中改一下，具体哪个参数请参考manual 2 用tpbconv命令，可以从你轨迹文件中任意保存点开始，续跑任意指定的时间，需要用到你的轨迹文件trr,tpr文件，ndx似乎， gromacs很方便的，如果对什么命令不熟悉，在命令后加 -h就会将命令的所有参数输出来，每个参数都有解释 希望有所帮助 |
2楼2009-08-12 08:18:32
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lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 8-13 09:06
yjcmwgk(金币+4,VIP+0):欢迎交流 8-13 09:12
sijifengsd(金币+3,VIP+0):很好 8-13 20:26
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 8-13 09:06
yjcmwgk(金币+4,VIP+0):欢迎交流 8-13 09:12
sijifengsd(金币+3,VIP+0):很好 8-13 20:26
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trr 和edr文件都是mdrun产生的 tpr文件是grompp读入mdp文件,index文件 gro文件和拓扑文件后产生的文件。续跑的时候是通过tpbconv读取轨迹坐标和能量文件，已经一些相应的操作参数产生tpr文件。tpr文件是mdrun重要的输入文件。 如果你想在2ns的轨迹文件上再续跑1ns，步长什么的都和原来一样话有两种写法 1 tpbconv -f md.trr -s md.tpr -e md.edr -o md.tpr -time 2000 -until 3000 2 tpbconv -f md.trr -s md.tpr -e md.edr -o md.tpr -time 2000 -extend 1000 第一种 跑啊跑 直到跑到3ns 第二种 再继续延伸 1ns 效果应该一样。 希望有所帮助。 |
4楼2009-08-13 06:05:08
sijifengsd
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5楼2009-08-13 20:26:08
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