| 查看: 555 | 回复: 4 | |||
| 当前主题已经存档。 | |||
sijifengsd银虫 (小有名气)
|
[交流]
【求助】怎样延伸一个Gromacs作业
|
||
|
各位高手： 小弟在做动力学模拟，Gromacs运行了10ns,但是感觉结果不好，还想接着在做10ns，我知道用tpbconv命令，但是对于具体要用到的文件不熟悉，请各位高手指点一下。。。 谢谢 [ Last edited by wuli8 on 2009-11-13 at 21:42 ] |
回复此楼» 猜你喜欢
售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有3人回复
-
售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有3人回复
-
售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急
已经有3人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急
已经有3人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急
已经有3人回复
-
售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急
已经有3人回复
-
售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有3人回复
-
售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急
已经有3人回复
-
售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有3人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急
已经有4人回复
★ ★ ★ ★ ★
yjcmwgk(金币+4,VIP+0):欢迎讨论 8-12 08:30
sijifengsd(金币+1,VIP+0):比较满意，但是还有点补明白 8-12 09:50
yjcmwgk(金币+4,VIP+0):欢迎讨论 8-12 08:30
sijifengsd(金币+1,VIP+0):比较满意，但是还有点补明白 8-12 09:50
|
有两种方法 1 用你最终产生的gro文件为模拟初始构型进行模型，记得在mdp文件中将自动给原子分配速度关掉。如果最终想把两段模拟轨迹合并，也把初始开始时间在mdp文件中改一下，具体哪个参数请参考manual 2 用tpbconv命令，可以从你轨迹文件中任意保存点开始，续跑任意指定的时间，需要用到你的轨迹文件trr,tpr文件，ndx似乎， gromacs很方便的，如果对什么命令不熟悉，在命令后加 -h就会将命令的所有参数输出来，每个参数都有解释 希望有所帮助 |
2楼2009-08-12 08:18:32
sijifengsd
银虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 273.7
- 散金: 50
- 红花: 2
- 帖子: 94
- 在线: 12.1小时
- 虫号: 794988
- 注册: 2009-06-15
- 性别: GG
- 专业: 物理化学
3楼2009-08-12 09:58:11
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 8-13 09:06
yjcmwgk(金币+4,VIP+0):欢迎交流 8-13 09:12
sijifengsd(金币+3,VIP+0):很好 8-13 20:26
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 8-13 09:06
yjcmwgk(金币+4,VIP+0):欢迎交流 8-13 09:12
sijifengsd(金币+3,VIP+0):很好 8-13 20:26
|
trr 和edr文件都是mdrun产生的 tpr文件是grompp读入mdp文件,index文件 gro文件和拓扑文件后产生的文件。续跑的时候是通过tpbconv读取轨迹坐标和能量文件，已经一些相应的操作参数产生tpr文件。tpr文件是mdrun重要的输入文件。 如果你想在2ns的轨迹文件上再续跑1ns，步长什么的都和原来一样话有两种写法 1 tpbconv -f md.trr -s md.tpr -e md.edr -o md.tpr -time 2000 -until 3000 2 tpbconv -f md.trr -s md.tpr -e md.edr -o md.tpr -time 2000 -extend 1000 第一种 跑啊跑 直到跑到3ns 第二种 再继续延伸 1ns 效果应该一样。 希望有所帮助。 |
4楼2009-08-13 06:05:08
sijifengsd
银虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 273.7
- 散金: 50
- 红花: 2
- 帖子: 94
- 在线: 12.1小时
- 虫号: 794988
- 注册: 2009-06-15
- 性别: GG
- 专业: 物理化学
5楼2009-08-13 20:26:08
20