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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】怎样延伸一个Gromacs作业
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sijifengsd

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】怎样延伸一个Gromacs作业

各位高手：
小弟在做动力学模拟，Gromacs运行了10ns,但是感觉结果不好，还想接着在做10ns，我知道用tpbconv命令，但是对于具体要用到的文件不熟悉，请各位高手指点一下。。。

       谢谢

[ Last edited by wuli8 on 2009-11-13 at 21:42 ]
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似水年华
1楼 2009-08-11 16:51:50
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emrecoba

银虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★
yjcmwgk(金币+4,VIP+0):欢迎讨论 8-12 08:30
sijifengsd(金币+1,VIP+0):比较满意，但是还有点补明白 8-12 09:50
有两种方法
1 用你最终产生的gro文件为模拟初始构型进行模型，记得在mdp文件中将自动给原子分配速度关掉。如果最终想把两段模拟轨迹合并，也把初始开始时间在mdp文件中改一下，具体哪个参数请参考manual
2 用tpbconv命令，可以从你轨迹文件中任意保存点开始，续跑任意指定的时间，需要用到你的轨迹文件trr,tpr文件，ndx似乎，
gromacs很方便的，如果对什么命令不熟悉，在命令后加 -h就会将命令的所有参数输出来，每个参数都有解释
希望有所帮助
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2楼2009-08-12 08:18:32
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sijifengsd

银虫 (小有名气)

回复请教emrecoba

谢谢，但我还有一点请教我要是想在追加1ns的模拟时间，我如果想用tpbconv方法可以这样写么？
tpbconv -f md.trr -s md.tpr -e md.edr -o md.tpr -time 2000 -until 2000  
trr tpr edr 都用动力学模拟产生的可以么？
最后产生的tpr用mdrun命令还和以前的一样吧？
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似水年华
3楼2009-08-12 09:58:11
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emrecoba

银虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 8-13 09:06
yjcmwgk(金币+4,VIP+0):欢迎交流 8-13 09:12
sijifengsd(金币+3,VIP+0):很好 8-13 20:26
trr 和edr文件都是mdrun产生的
tpr文件是grompp读入mdp文件,index文件 gro文件和拓扑文件后产生的文件。续跑的时候是通过tpbconv读取轨迹坐标和能量文件，已经一些相应的操作参数产生tpr文件。tpr文件是mdrun重要的输入文件。

如果你想在2ns的轨迹文件上再续跑1ns，步长什么的都和原来一样话有两种写法
1 tpbconv -f md.trr -s md.tpr -e md.edr -o md.tpr -time 2000 -until 3000  
2  tpbconv -f md.trr -s md.tpr -e md.edr -o md.tpr -time 2000 -extend 1000

第一种 跑啊跑 直到跑到3ns
第二种 再继续延伸 1ns

效果应该一样。
希望有所帮助。
引用回帖:
Originally posted by sijifengsd at 2009-8-12 09:58:
谢谢，但我还有一点请教我要是想在追加1ns的模拟时间，我如果想用tpbconv方法可以这样写么？
tpbconv -f md.trr -s md.tpr -e md.edr -o md.tpr -time 2000 -until 2000  
trr tpr edr 都用动力学模拟产生的可以 ...

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4楼2009-08-13 06:05:08
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sijifengsd

银虫 (小有名气)

谢谢

谢谢，我试了一下可以
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似水年华
5楼2009-08-13 20:26:08
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