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饿的神啊

新虫 (著名写手)

[求助] 真菌基因组DNA电泳无条带,急求帮助 已有2人参与

半个月前用ctab法提取了镰刀菌的dna,用nanodrop检测了浓度,基本在1000ng/ul,260/230在1.8-2.0之间,当时认为质量不错,没有电泳检测,将dna稀释后做了pcr模板,扩增结果也很好。
真菌基因组DNA电泳无条带,急求帮助
      直到这两天打算做southern blot,预酶切用了3种酶,dna模板量用了2ug,酶切过夜后电泳无结果。次日将dna模板加到了10-20ug,酶切后浓缩酶切产物,电泳也无结果。
1、2、3为10ugdna模板对应3种酶的酶切产物;4为10ug dna(未酶切);5、6、7为20ugdna模板对应3种酶的酶切产物
真菌基因组DNA电泳无条带,急求帮助-1
       我一度怀疑是用的酶不对,直到我把没有稀释的dna(未酶切)一起电泳,结果电泳结果只有100bp的位置有一团,我才意识到我的dna模板有问题。1、3为同一模板,浓度为550ng/ul,上样量分别为5ul和1ul;2、4为同一模板,浓度为1200ng/ul,上样量分别为5ul和1ul。
真菌基因组DNA电泳无条带,急求帮助-2
       怎么这么邪门呀,稀释30多倍pcr扩增都很好,怎么电泳一点都没有呢?急求帮助!@biostar2009@wizardfan
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屎胖纸

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

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你这个dna电泳,明显没有提出来呀,做southern肯定是要先电泳看条带亮度,单一无杂带。你pcr那个是不准的吧,pcr有时候只需要有一点点片段,都能扩出来。
2楼2021-04-22 20:28:41
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饿的神啊

新虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 屎胖纸 at 2021-04-22 20:28:41
你这个dna电泳,明显没有提出来呀,做southern肯定是要先电泳看条带亮度,单一无杂带。你pcr那个是不准的吧,pcr有时候只需要有一点点片段,都能扩出来。

可是nanodrop测浓度很好,比值也很好,怎么电泳会一点条带都没有呢,以前从没有遇到这个情况。

发自小木虫IOS客户端
3楼2021-04-22 22:26:58
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rhapsody007

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

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感谢参与,应助指数 +1
饿的神啊: 金币+100, 有帮助 2021-05-25 16:07:03
nanodrop好≠电泳好,电泳不好≠nanodrop不好,这两个应该用来互相印证。
“半个月前用ctab法提取了镰刀菌的dna”,是不是把DNA放-20了,冻融影响了?
吉恩特磁珠
4楼2021-04-23 14:51:06
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