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【求助】如何计算前线分子轨道电荷密度?
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What charge density values corespond to the iso-surfaces? 请教如何计算分子轨道电荷密度? |
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2楼2009-07-31 22:24:28
3楼2009-07-31 23:12:41
zhou2009
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G03的cubegen不能作某个MO的ρ，将某个MO的cube输入到cubman也不能作平方运算作成ρ，因为cubman缺少平方运算。 这时，可以运行cubegen，回答： Property [Density]? HOMO（或者LUMO） 即得到HOMO的空间格点文件。 将此文件进入gsgrid程序，对这格点数据进行平方，再乘以2（两个电子占据这个轨道时），即得到该MO的电子密度。然后再进入绘图程序作图。 进入gsgrid程序时，最好先选择一个该MO的最有代表性的截面，再作平方等，这样可以用sigmaplot作出该MO电子密度的等值线来。 但是由于电子密度是MO的平方，是没有了相位的，讨论前线分子轨道问题，还是要看HOMO、LUMO，特别是看它们的对称性、相位是否相符。 |
4楼2009-08-01 09:15:34
sculhf
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5楼2009-08-01 13:30:36
zhou2009
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你说“电子密度针对轨道，电荷密度针对原子的”，“电荷密度，表示原子上有多少净电荷。”我也是这样认为的。 你说“电子密度是定义各个轨道上分布的电子数，通常的密度矩阵就是表达这个的。”我也是这样认为的。 我还认为cube截面也是在用另一种方式表达轨道上分布的电子密度。 二者相比较，密度矩阵除了说分子中原子的实有电子外，还有重叠密度，再加上现在基组众多，σ、π、pi（孤对电子）会重叠在一个原子上，密度矩阵实在不易分析，影响了密度矩阵的正确表征能力。 至于原子上有多少净电荷，至今没有一个合用的计算方法，结果常常不合理、不合用。 原子的净电荷是从密度矩阵计算的，它均分了重叠密度，这样就带入了人为处理的因素，许多时候这种处理会显得极不合理。 cube截面表示的电子密度，没有人为处理因素，为原始的一手信息。只是它需要借助图形展示，不能用离散的数字说明。 [ Last edited by zhou2009 on 2009-8-1 at 15:46 ] |
6楼2009-08-01 15:09:23
7楼2009-08-01 15:12:29
sculhf
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