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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】如何计算前线分子轨道电荷密度?
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sculhf

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断翼天使

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[交流] 【求助】如何计算前线分子轨道电荷密度?

What charge density values corespond to the iso-surfaces?
请教如何计算分子轨道电荷密度?
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谋事在人成事在天
1楼 2009-07-31 21:44:20
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recoli

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
sculhf(金币+1,VIP+0):iso-value是0.02 这里的0.02是电荷密度吗？单位是什么？谢谢 7-31 22:37
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 8-2 13:30
这是审稿人的问题吗？如果是的话，这个iso-value在用GaussView画图的时候就有显示，注意看一下那个小窗口。HOMO/LUMO图的默认iso-value是0.02，电荷密度的话你再看一下。
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2楼2009-07-31 22:24:28
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recoli

金虫 (正式写手)
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 8-2 13:30
文献里写单位是a.u.。具体应该是电子电荷除以波尔半径的三次方。
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3楼2009-07-31 23:12:41
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zhou2009

版主 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
sculhf(金币+1,VIP+0):谢谢 8-1 13:21
lei0736(金币+5,VIP+0):谢谢 8-2 13:30
G03的cubegen不能作某个MO的ρ，将某个MO的cube输入到cubman也不能作平方运算作成ρ，因为cubman缺少平方运算。

    这时，可以运行cubegen，回答：
Property [Density]? HOMO（或者LUMO）
即得到HOMO的空间格点文件。

    将此文件进入gsgrid程序，对这格点数据进行平方，再乘以2（两个电子占据这个轨道时），即得到该MO的电子密度。然后再进入绘图程序作图。
    进入gsgrid程序时，最好先选择一个该MO的最有代表性的截面，再作平方等，这样可以用sigmaplot作出该MO电子密度的等值线来。

    但是由于电子密度是MO的平方，是没有了相位的，讨论前线分子轨道问题，还是要看HOMO、LUMO，特别是看它们的对称性、相位是否相符。
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4楼2009-08-01 09:15:34
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sculhf

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断翼天使

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引用回帖:
Originally posted by zhou2009 at 2009-8-1 09:15:
G03的cubegen不能作某个MO的ρ，将某个MO的cube输入到cubman也不能作平方运算作成ρ，因为cubman缺少平方运算。

    这时，可以运行cubegen，回答：
Property [Density]? HOMO（或者LUMO）
即得到HOMO的空间 ...

我觉得评审人的意思应该是电子密度而不是电荷密度
你认为呢？
电子密度是定义各个轨道上分布的电子数，通常的密度矩阵就是表达这个的。
而电荷密度，表示原子上有多少净电荷。
电子密度针对轨道，电荷密度针对原子的

[ Last edited by sculhf on 2009-8-1 at 13:38 ]
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谋事在人成事在天
5楼2009-08-01 13:30:36
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zhou2009

版主 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 8-2 13:30
你说“电子密度针对轨道，电荷密度针对原子的”，“电荷密度，表示原子上有多少净电荷。”我也是这样认为的。

你说“电子密度是定义各个轨道上分布的电子数，通常的密度矩阵就是表达这个的。”我也是这样认为的。

我还认为cube截面也是在用另一种方式表达轨道上分布的电子密度。

二者相比较，密度矩阵除了说分子中原子的实有电子外，还有重叠密度，再加上现在基组众多，σ、π、pi（孤对电子）会重叠在一个原子上，密度矩阵实在不易分析，影响了密度矩阵的正确表征能力。

至于原子上有多少净电荷，至今没有一个合用的计算方法，结果常常不合理、不合用。
原子的净电荷是从密度矩阵计算的，它均分了重叠密度，这样就带入了人为处理的因素，许多时候这种处理会显得极不合理。

cube截面表示的电子密度，没有人为处理因素，为原始的一手信息。只是它需要借助图形展示，不能用离散的数字说明。

[ Last edited by zhou2009 on 2009-8-1 at 15:46 ]
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6楼2009-08-01 15:09:23
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recoli

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 8-2 13:31
引用回帖:
Originally posted by sculhf at 2009-8-1 13:30:

我觉得评审人的意思应该是电子密度而不是电荷密度
你认为呢？
电子密度是定义各个轨道上分布的电子数，通常的密度矩阵就是表达这个的。
而电荷密度，表示原子上有多少净电荷。
电子密度针对轨道，电荷密度针 ...

审稿人的问题要看上下文的，这个只有你自己知道了。但既然提到了iso-surface和前线轨道，那么我猜审稿人是在问HOMO/LUMO的isovalue值。这个值在GaussView里是可调的，调小了轨道看起来就比较弥散，调大了轨道看起来就比较紧凑。
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7楼2009-08-01 15:12:29
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sculhf

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断翼天使

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引用回帖:
Originally posted by zhou2009 at 2009-8-1 15:09:
你说“电子密度针对轨道，电荷密度针对原子的”，“电荷密度，表示原子上有多少净电荷。”我也是这样认为的。

你说“电子密度是定义各个轨道上分布的电子数，通常的密度矩阵就是表达这个的。”我也是这样认为的 ...

再次感谢！！
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谋事在人成事在天
8楼2009-08-01 17:41:23
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sculhf

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断翼天使

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引用回帖:
Originally posted by recoli at 2009-8-1 15:12:


审稿人的问题要看上下文的，这个只有你自己知道了。但既然提到了iso-surface和前线轨道，那么我猜审稿人是在问HOMO/LUMO的isovalue值。这个值在GaussView里是可调的，调小了轨道看起来就比较弥散，调大了轨道 ...

谢谢了
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谋事在人成事在天
9楼2009-08-01 17:42:01
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neweroica

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
sculhf(金币+1,VIP+0):thanks 8-1 22:06
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 8-2 13:31
显然，你画了轨道等值面图，却没给那个数值，所以审稿人当然就问了。
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Simpler, stronger, more tolerant
10楼2009-08-01 17:48:50
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