| 查看: 426 | 回复: 4 | |||
| 当前主题已经存档。 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
wqd198686铁杆木虫 (正式写手)
|
[交流]
【求助】分子动力学输入文件
|
||
|
求助大家一个比较弱智的问题，我是分子模拟新手，想模拟小分子动力学的性质，但是请教大家一个很弱智的问题，在一个立方结构内，如30*30*20 A的单元内，如何生成含50，甚至更多个个同样分子的输入文件？ [ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 13:56 ] |
回复此楼» 猜你喜欢
请问有评职称，把科研教学业绩算分排序的高校吗
已经有3人回复
-
孩子确诊有中度注意力缺陷
已经有12人回复
-
2025冷门绝学什么时候出结果
已经有3人回复
-
天津工业大学郑柳春团队欢迎化学化工、高分子化学或有机合成方向的博士生和硕士生加入
已经有4人回复
-
康复大学泰山学者周祺惠团队招收博士研究生
已经有6人回复
-
AI论文写作工具：是科研加速器还是学术作弊器？
已经有3人回复
-
2026博士申请-功能高分子，水凝胶方向
已经有6人回复
-
论文投稿，期刊推荐
已经有4人回复
-
硕士和导师闹得不愉快
已经有13人回复
-
请问2026国家基金面上项目会启动申2停1吗
已经有5人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
bay__gulf
金虫 (著名写手)
刘苏州
- 模拟EPI: 8
- 应助: 9 (幼儿园)
- 贵宾: 4.85
- 金币: 2332.8
- 红花: 1
- 帖子: 1344
- 在线: 271小时
- 虫号: 592012
- 注册: 2008-09-03
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 分子模拟
★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 8-2 13:39
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 8-2 13:39
|
程序开头有如下一些内容，改成自己想要的 set unitCellPdb unit_cell_alpha.pdb (输入文件名，比如methane.pdb， 一个CH4 分子) set n1 6 各个方向的重复次数 set l1 7.595 各个方向上相邻分子的间隔 set basisVector1 [list 1.0 0.0 0.0] 空间的三个基矢 然后在vmd 的tkconsole 中source 这个脚本即可。 脚本最重要的功能是在各个方向平移分子后，对分子的atomID 和resiId 重新编号 |
4楼2009-07-31 21:08:13
bay__gulf
金虫 (著名写手)
刘苏州
- 模拟EPI: 8
- 应助: 9 (幼儿园)
- 贵宾: 4.85
- 金币: 2332.8
- 红花: 1
- 帖子: 1344
- 在线: 271小时
- 虫号: 592012
- 注册: 2008-09-03
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 分子模拟
2楼2009-07-31 16:02:02
wqd198686
铁杆木虫 (正式写手)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 6113.3
- 散金: 80
- 红花: 1
- 帖子: 505
- 在线: 185.1小时
- 虫号: 204319
- 注册: 2006-03-02
- 专业: 理论和计算化学
3楼2009-07-31 20:33:39
wqd198686
铁杆木虫 (正式写手)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 6113.3
- 散金: 80
- 红花: 1
- 帖子: 505
- 在线: 185.1小时
- 虫号: 204319
- 注册: 2006-03-02
- 专业: 理论和计算化学
|
不好意思，再问一下，为什么我的输出结果membrane.pdb只有如下内容 REMARK Unit cell dimensions: REMARK a1 2.595 REMARK a2 2.595 REMARK a3 1.902 REMARK Basis vectors: REMARK basisVector1 1.0 0.0 0.0 REMARK basisVector2 0.5 0.866025403784 0.0 REMARK basisVector3 0.0 0.0 1.0 REMARK replicationCount 13 13 13 END vmd不能打开！ 谢谢 |
5楼2009-07-31 22:46:12