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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】分子动力学输入文件
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wqd198686

铁杆木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】分子动力学输入文件

求助大家一个比较弱智的问题，我是分子模拟新手，想模拟小分子动力学的性质，但是请教大家一个很弱智的问题，在一个立方结构内，如30*30*20 A的单元内，如何生成含50，甚至更多个个同样分子的输入文件？

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 13:56 ]
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1楼 2009-07-31 15:18:44
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 8-2 13:38
不知道楼主使用的是什么工具。
下面这个脚本可以用在vmd 中
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2楼2009-07-31 16:02:02
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wqd198686

铁杆木虫 (正式写手)
我现在用一个别人的动力学程序做一些初级的分子模拟工作，想生成一个比如含100个甲烷分子的立方结构单元。谢谢你的程序，能否简单告知怎么使用，我机器上装了VMD
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3楼2009-07-31 20:33:39
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 8-2 13:39
程序开头有如下一些内容，改成自己想要的
set unitCellPdb unit_cell_alpha.pdb (输入文件名，比如methane.pdb， 一个CH4 分子)

set n1 6
各个方向的重复次数

set l1 7.595
各个方向上相邻分子的间隔

set basisVector1 [list 1.0 0.0 0.0]
空间的三个基矢

然后在vmd 的tkconsole 中source 这个脚本即可。
脚本最重要的功能是在各个方向平移分子后，对分子的atomID 和resiId 重新编号
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4楼2009-07-31 21:08:13
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wqd198686

铁杆木虫 (正式写手)
不好意思，再问一下，为什么我的输出结果membrane.pdb只有如下内容
REMARK Unit cell dimensions:
REMARK a1 2.595
REMARK a2 2.595
REMARK a3 1.902
REMARK Basis vectors:
REMARK basisVector1 1.0 0.0 0.0
REMARK basisVector2 0.5 0.866025403784 0.0
REMARK basisVector3 0.0 0.0 1.0
REMARK replicationCount 13 13 13
END

vmd不能打开！
谢谢
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5楼2009-07-31 22:46:12
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