| 查看: 480 | 回复: 4 | |||
| 当前主题已经存档。 | |||
wqd198686铁杆木虫 (正式写手)
|
[交流]
【求助】分子动力学输入文件
|
||
|
求助大家一个比较弱智的问题，我是分子模拟新手，想模拟小分子动力学的性质，但是请教大家一个很弱智的问题，在一个立方结构内，如30*30*20 A的单元内，如何生成含50，甚至更多个个同样分子的输入文件？ [ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 13:56 ] |
回复此楼» 猜你喜欢
【全奖博士/科研助理/博后招生】新加坡南洋理工大学机械与航空航天学院
已经有4人回复
-
有谁可曾问过你过的还好吗？
已经有22人回复
-
售T0P一区SCI文章，我:8O5.51.O.54,科目齐全,可＋急
已经有5人回复
-
E0414, 我的本子有没有希望？
已经有7人回复
-
一篇论文同时出现在两个期刊，一模一样，这算不算学术不端，请各位老师斧正。
已经有12人回复
-
希望面上有个好结果
已经有7人回复
-
三区计算机方向期刊推荐
已经有5人回复
-
sci论文二审求助
已经有5人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
bay__gulf
金虫 (著名写手)
刘苏州
- 模拟EPI: 8
- 应助: 9 (幼儿园)
- 贵宾: 4.85
- 金币: 2332.8
- 红花: 1
- 帖子: 1344
- 在线: 271小时
- 虫号: 592012
- 注册: 2008-09-03
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 分子模拟
2楼2009-07-31 16:02:02
wqd198686
铁杆木虫 (正式写手)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 6109.8
- 散金: 80
- 红花: 1
- 帖子: 506
- 在线: 188.2小时
- 虫号: 204319
- 注册: 2006-03-02
- 专业: 理论和计算化学
3楼2009-07-31 20:33:39
bay__gulf
金虫 (著名写手)
刘苏州
- 模拟EPI: 8
- 应助: 9 (幼儿园)
- 贵宾: 4.85
- 金币: 2332.8
- 红花: 1
- 帖子: 1344
- 在线: 271小时
- 虫号: 592012
- 注册: 2008-09-03
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 分子模拟
★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 8-2 13:39
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 8-2 13:39
|
程序开头有如下一些内容，改成自己想要的 set unitCellPdb unit_cell_alpha.pdb (输入文件名，比如methane.pdb， 一个CH4 分子) set n1 6 各个方向的重复次数 set l1 7.595 各个方向上相邻分子的间隔 set basisVector1 [list 1.0 0.0 0.0] 空间的三个基矢 然后在vmd 的tkconsole 中source 这个脚本即可。 脚本最重要的功能是在各个方向平移分子后，对分子的atomID 和resiId 重新编号 |
4楼2009-07-31 21:08:13
wqd198686
铁杆木虫 (正式写手)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 6109.8
- 散金: 80
- 红花: 1
- 帖子: 506
- 在线: 188.2小时
- 虫号: 204319
- 注册: 2006-03-02
- 专业: 理论和计算化学
|
不好意思，再问一下，为什么我的输出结果membrane.pdb只有如下内容 REMARK Unit cell dimensions: REMARK a1 2.595 REMARK a2 2.595 REMARK a3 1.902 REMARK Basis vectors: REMARK basisVector1 1.0 0.0 0.0 REMARK basisVector2 0.5 0.866025403784 0.0 REMARK basisVector3 0.0 0.0 1.0 REMARK replicationCount 13 13 13 END vmd不能打开！ 谢谢 |
5楼2009-07-31 22:46:12