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wqd198686铁杆木虫 (正式写手)
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【求助】分子动力学输入文件
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求助大家一个比较弱智的问题，我是分子模拟新手，想模拟小分子动力学的性质，但是请教大家一个很弱智的问题，在一个立方结构内，如30*30*20 A的单元内，如何生成含50，甚至更多个个同样分子的输入文件？ [ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 13:56 ] |
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2楼2009-07-31 16:02:02
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3楼2009-07-31 20:33:39
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程序开头有如下一些内容，改成自己想要的 set unitCellPdb unit_cell_alpha.pdb (输入文件名，比如methane.pdb， 一个CH4 分子) set n1 6 各个方向的重复次数 set l1 7.595 各个方向上相邻分子的间隔 set basisVector1 [list 1.0 0.0 0.0] 空间的三个基矢 然后在vmd 的tkconsole 中source 这个脚本即可。 脚本最重要的功能是在各个方向平移分子后，对分子的atomID 和resiId 重新编号 |
4楼2009-07-31 21:08:13
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不好意思，再问一下，为什么我的输出结果membrane.pdb只有如下内容 REMARK Unit cell dimensions: REMARK a1 2.595 REMARK a2 2.595 REMARK a3 1.902 REMARK Basis vectors: REMARK basisVector1 1.0 0.0 0.0 REMARK basisVector2 0.5 0.866025403784 0.0 REMARK basisVector3 0.0 0.0 1.0 REMARK replicationCount 13 13 13 END vmd不能打开！ 谢谢 |
5楼2009-07-31 22:46:12
