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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » 晶体解析 » XCIF后生成的.doc文件打不开？？？？
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Inorg@USF

木虫 (正式写手)

[交流] XCIF后生成的.doc文件打不开？？？？

各位高人！

XCIF顺利生成.doc文件，可是无论是用word2000 or word2003都打不开，可是如果选择def可以生成.txt文件，打开没问题。

请问这个问题如何解决？ 是因为系统环境还是我shelxtl版本造成的？


谢谢！！！
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There is a will,there is a way.
1楼 2009-07-22 22:14:30
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)
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为何要生成.doc?
.txt不是挺好的吗?
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xi2004-emuch@163.com
2楼2009-07-22 23:02:23
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Inorg@USF

木虫 (正式写手)
是的，.txt也可以的，只是这终究是个问题不是？ 而且个人感觉生成.doc文件方便后续编辑。

还有，既然xi2004老师在，就请教另外两个问题：

1）还是我之前发帖子问，我是Fourier加的所有H原子，其中有两个氢原子 （N3-H27, N4-H26)位置不稳定，每轮计算后键长都会延长至1.4左右，没办法，我就用DFIX限制了键长0.85.可是在残峰里Q1值是1.98. 计算值收敛至Mean shift/esd =   0.004    Maximum =  -0.154 for   x  H26，GooF = S =     1.013， R(int) = 0.0809 这样子可以接受么？我的晶体是片晶，这种结果还要做吸收校正么？

2）用XCIF生成的最后txt文件中没有看到氢键table.可是在cif,lst文件里明明是的啊?请问这个问题如何解决?

多谢多谢!
引用回帖:
Originally posted by xi2004 at 2009-7-22 23:02:
为何要生成.doc?
.txt不是挺好的吗?

[ Last edited by Inorg@USF on 2009-7-22 at 23:50 ]
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There is a will,there is a way.
3楼2009-07-22 23:48:15
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)
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是的，.txt也可以的，只是这终究是个问题不是？ 而且个人感觉生成.doc文件方便后续编辑。

TXT也很好编辑的.



1）还是我之前发帖子问，我是Fourier加的所有H原子，其中有两个氢原子 （N3-H27, N4-H26)位置不稳定，每轮计算后键长都会延长至1.4左右，没办法，我就用DFIX限制了键长0.85.可是在残峰里Q1值是1.98. 计算值收敛至Mean shift/esd =   0.004    Maximum =  -0.154 for   x  H26，GooF = S =     1.013， R(int) = 0.0809 这样子可以接受么？我的晶体是片晶，这种结果还要做吸收校正么？

Q1 =1.98
是说的收敛以后的的残余峰高吗?

N3-H27, N4-H26 如果刚开始距离比较合理, 可以用himp 0.85 h26 h27
然后在 .ins中加afix 3 而不是dfix 0.85
不过要把 h27, h26分别派在N3 N4后.

从你的叙述看, 大致也是可以的.



2）用XCIF生成的最后txt文件中没有看到氢键table.可是在cif,lst文件里明明是的啊?请问这个问题如何解决?


可能是因为你没有在.ins中加CONF计算torsion angles. 然后在xcif是, 那些关于torsion角的要回答No. 下一个H-tab的回答y, 才会有H-tab在txt中.
我这是根据的shelx的经验. 不知道shextl誓不罢休是也如此. 你试试.
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xi2004-emuch@163.com
4楼2009-07-22 23:59:42
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Inorg@USF

木虫 (正式写手)
1）还是我之前发帖子问，我是Fourier加的所有H原子.................

Q1 =1.98
是说的收敛以后的的残余峰高吗?

是对,下边是残峰:
Q1    1   0.6753  0.6216  1.1094  11.00000  0.05    1.96
Q2    1   1.1234  0.7465  0.6803  11.00000  0.05    1.18
Q3    1   0.2897  0.8797 -0.0906  11.00000  0.05    1.00
Q4    1   0.6002  0.6244  0.1674  11.00000  0.05    0.96
Q5    1   0.3289  0.8668 -0.2795  11.00000  0.05    0.91


N3-H27, N4-H26 如果刚开始距离比较合理, 可以用himp 0.85 h26 h27
然后在 .ins中加afix 3 而不是dfix 0.85
不过要把 h27, h26分别派在N3 N4后.

从你的叙述看, 大致也是可以的.

我用了您说的这个命令. 我在ins里加 himp 0.85 h26 h27. 出现"atim names not allowed" refine中断. 您说的afix 3就加在ins里的前面的命令行里么,不用放在特定原子前吧?

2）用XCIF生成的最后txt文件中没有看到氢键table.可是在cif,lst文件里明明是的啊?请问这个问题如何解决?


可能是因为你没有在.ins中加CONF计算torsion angles. 然后在xcif是, 那些关于torsion角的要回答No. 下一个H-tab的回答y, 才会有H-tab在txt中.
我这是根据的shelx的经验. 不知道shextl誓不罢休是也如此. 你试试.

这个问题已经搞掂了, 我在ins之前已经加了conf, 问题估计是出现在你说后者,torsion确实选了N, 而且shelxtl里,在H-TAB那一定要选一下Y才可以. 比较weird. 现在我的.txt文件已经圆满了,啥都全了.

谢谢!
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5楼2009-07-23 00:35:47
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)
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afix 放在特定原子前.
himp是xp中的指令.

残余1.9如果不是在重金属附近, 还有问题, 应该是原子没找全. 如果在重原子周围, 或许可不管.
一切以chekcif alert 为准.
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xi2004-emuch@163.com
6楼2009-07-23 00:42:36
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Inorg@USF

木虫 (正式写手)
您说的AFIX 3放在特定原子前,是N,还是H啊?

himp我在XP里做了.

原子应该是找全了, GOOF值很好了,我曾试着指定残峰,goof会变为2.3. 我就不管它了. 下面是checkcif的结果,有几个a alert. 都是和吸收矫正有关系.我做了吸收矫正了. 结果和没做吸收矫正一样,这正常么? 还有在a alert里强调了两个氢原子热振动过大(不知道我这么理解对否?) 是不是要我把他们删掉,然后理论加氢会好些呢?

再谢!
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7楼2009-07-23 01:04:35
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Inorg@USF

木虫 (正式写手)
这是altert结果:

SHFSU01_ALERT_2_A  The absolute value of parameter shift to su ratio > 0.20
            Absolute value of the parameter shift to su ratio given   0.400
            Additional refinement cycles may be required.
PLAT057_ALERT_3_A Correction for Absorption Required   RT(exp) ...       1.83      
PLAT080_ALERT_2_A Maximum Shift/Error ............................       0.40      
PLAT222_ALERT_3_A Large Non-Solvent    H     Ueq(max)/Ueq(min) ...      10.00 Ratio
PLAT052_ALERT_1_A (Proper) Absorption Correction Method Missing ..          ?
PLAT122_ALERT_1_A No _symmetry_space_group_name_H-M Given ........          ?
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8楼2009-07-23 01:14:35
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Inorg@USF

木虫 (正式写手)
这是我所有傅立叶加的H,
H1     2   0.103469  0.688416  0.187603 11.000000  0.022260
H2     2   0.173652  1.073611  0.108251 11.000000  0.017120
H3     2   0.296776  1.078970  0.060519 11.000000  0.022300
H4     2   0.269743  0.668035  0.031692 11.000000  0.039100
H5     2   0.150035  0.668521  0.080366 11.000000  0.014840
H6     2   0.399883  0.796524  0.031542 11.000000  0.009960
H7     2   0.402156  0.929792  0.033554 11.000000  0.021800
H8     2   0.919100  0.683068  1.006829 11.000000  0.003320
H9     2   0.803079  0.676314  1.062991 11.000000  0.011370
H11    2   1.016001  0.576697  0.949220 11.000000  0.028020
H13    2  -0.005171  0.694017  0.250876 11.000000  0.028700
H14    2   0.014860  1.056624  0.091820 11.000000  0.033240
H15    2  -0.095014  0.955460  0.291588 11.000000  0.049720
H16    2   0.920527  0.710057  0.681450 11.000000  0.013570
H17    2   1.118059  0.575965  0.882291 11.000000  0.027680
H19    2   0.723975  0.571498  0.791373 11.000000  0.010980
H20    2  -0.163160  0.905433  0.226720 11.000000  0.042050
H21    2  -0.088614  1.065356  0.158763 11.000000  0.043080
H23    2   0.606566  0.569994  0.843406 11.000000  0.025720
H25    2   0.813763  0.697995  0.742840 11.000000  0.039330

我看不出哪个U(eq)值偏大啊？
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There is a will,there is a way.
9楼2009-07-23 01:17:35
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)
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1. 然后在 .ins中加afix 3 而不是dfix 0.85
  不过要把 h27, h26分别排在N3 N4后.
  AFIX 3 放在H26, H27前, 后面要以AFIX 0结束.

2. H的Ueq就不要修正了.
用 -1.2或-1.5
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xi2004-emuch@163.com
10楼2009-07-23 01:24:29
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