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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » 晶体解析 » XCIF后生成的.doc文件打不开？？？？
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)
" GOOF值很好了,我曾试着指定残峰,goof会变为2.3. "

这个GOF和你指定残峰没啥关系.

关键看是不是在重原子周围, 还有最高残峰与deepest hole的值是不是接近, 两者差太远要么是没解完, 要末是数据不好.
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xi2004-emuch@163.com
11楼2009-07-23 01:27:27
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Inorg@USF

木虫 (正式写手)
1. 然后在 .ins中加afix 3 而不是dfix 0.85
  不过要把 h27, h26分别排在N3 N4后.
  AFIX 3 放在H26, H27前, 后面要以AFIX 0结束.

我已经把N3,N4的H都删了，理论加H了。问题搞掂！


2. H的Ueq就不要修正了.
用 -1.2或-1.5

"用 -1.2或-1.5"  这个又不懂了. 如何用，这个-1.2，-1.5是怎么回事？ 另外，H的Ueq不修正的话，会有A alert。
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There is a will,there is a way.
12楼2009-07-23 01:54:57
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Inorg@USF

木虫 (正式写手)
。。。。。。。。。

--关键看是不是在重原子周围, 还有最高残峰与deepest hole的值是不是接近, 两者差太远要么是没解完, 要末是数据不 ...

我看了一下这样是不是算差很多，可是个人感觉是解完了，衍射数据还挺好的，第一轮refine我就找到所有原子了，包括H。

Highest peak    1.95  at  0.8247  0.1215  0.3906  [  0.99 A from H3B ]
Deepest hole   -1.19  at  0.6815  0.1311  0.1412  [  0.55 A from CU1 ]

静候。。。
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There is a will,there is a way.
13楼2009-07-23 01:57:43
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Inorg@USF

木虫 (正式写手)
经过几轮收敛计算，checkcif的结果见好。现在关键的问题还是H的U（ep）问题啦

Alert level A
PLAT222_ALERT_3_A Large Non-Solvent    H     Ueq(max)/Ueq(min) ...      10.00 Ratio
--------------------------------------------------------------------------------Alert level B
PLAT222_ALERT_3_B Large Non-Solvent    H     Ueq(max)/Ueq(min) ...       5.00 Ratio


请老师帮忙。。。。
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There is a will,there is a way.
14楼2009-07-23 01:59:51
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Inorg@USF

木虫 (正式写手)
fourier加的H全部删除，理论加请，U（eq）的问题没有，checkcif报告一个a类错误，没有b类错误。

Alert level A
PLAT093_ALERT_1_A No su's on H-atoms, but refinement reported as .      mixed  

这个不明白是什么意思，请高人指点！

谢谢！
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There is a will,there is a way.
15楼2009-07-23 04:35:40
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腾龙云飞

金虫 (著名写手)
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引用回帖:
Originally posted by Inorg@USF at 2009-7-23 04:35:
fourier加的H全部删除，理论加请，U（eq）的问题没有，checkcif报告一个a类错误，没有b类错误。

Alert level A
PLAT093_ALERT_1_A No su's on H-atoms, but refinement reported as .      mixed  

这个不 ...

mixed 改为 constr
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但行好事 莫问前程 _______ 渤海之滨 黄河之津 书生侠骨 义薄惊云
16楼2009-07-23 08:42:41
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
Highest peak    1.95  at  0.8247  0.1215  0.3906  [  0.99 A from H3B ]

这个极有可能有问题, 恐怕你结构中这个位置有 CH3OH, 而不是H2O, 或者是 H2O要做无序处理.


H一般列在母原子后,
其Ueq一般都不修, 除非数据特别好.
而是用其母原子的1.2或1.5倍
格式大致如下

C1   1  x y z 11.0 ....
AFIX 43
H1A  2  x  y  z 11.0 -1.2

或
O1 4  x y z 11.0 .....
AFIX 3
H1 2 x y z 11.0 -1.5


关于H的alert A, 可能是母原子的Ueq太大造成. 和H的Ueq修不修关系可能不大.
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xi2004-emuch@163.com
17楼2009-07-23 09:17:13
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Inorg@USF

木虫 (正式写手)
谢谢，如你说所说，问题果然迎刃而解。
引用回帖:
Originally posted by 腾龙云飞 at 2009-7-23 08:42:



mixed 改为 constr

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18楼2009-07-23 09:32:53
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Inorg@USF

木虫 (正式写手)
xi2004老师，在这个残峰后面还有个 Q2 1.25的，他们总是出现在NH2附近，我曾试图将它们指定为N上的H，可是refine之后，它们的位置又拉上了，删除之后，位置又出现在合理键长的N附近。而且发现他们的U(eq）都很大。我最后的决定是把所有傅立叶加的H删掉，理论加H，精修到收敛之后，没有A,B类alert。虽然还有这个两个相对高的残峰在，我想应该不会引起审稿人的疑问吧？

谢谢您的指点。
引用回帖:
Originally posted by xi2004 at 2009-7-23 09:17:
Highest peak    1.95  at  0.8247  0.1215  0.3906  [  0.99 A from H3B ]

这个极有可能有问题, 恐怕你结构中这个位置有 CH3OH, 而不是H2O, 或者是 H2O要做无序处理.


H一般列在母原子后,
其Ueq一般都 ...

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There is a will,there is a way.
19楼2009-07-23 09:37:33
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)
★
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引用回帖:
Originally posted by Inorg@USF at 2009-7-23 09:37:
xi2004老师，在这个残峰后面还有个 Q2 1.25的，他们总是出现在NH2附近，我曾试图将它们指定为N上的H，可是refine之后，它们的位置又拉上了，删除之后，位置又出现在合理键长的N附近。而且发现他们的U(eq）都很大。 ...

如果我是审稿人,我要疑问一下的.
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xi2004-emuch@163.com
20楼2009-07-23 09:40:43
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