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Inorg@USF木虫 (正式写手)
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XCIF后生成的.doc文件打不开？？？？
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各位高人！ XCIF顺利生成.doc文件，可是无论是用word2000 or word2003都打不开，可是如果选择def可以生成.txt文件，打开没问题。 请问这个问题如何解决？ 是因为系统环境还是我shelxtl版本造成的？ 谢谢！！！ |
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2楼2009-07-22 23:02:23
Inorg@USF
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是的，.txt也可以的，只是这终究是个问题不是？ 而且个人感觉生成.doc文件方便后续编辑。还有，既然xi2004老师在，就请教另外两个问题： 1）还是我之前发帖子问，我是Fourier加的所有H原子，其中有两个氢原子 （N3-H27, N4-H26)位置不稳定，每轮计算后键长都会延长至1.4左右，没办法，我就用DFIX限制了键长0.85.可是在残峰里Q1值是1.98. 计算值收敛至Mean shift/esd = 0.004 Maximum = -0.154 for x H26，GooF = S = 1.013， R(int) = 0.0809 这样子可以接受么？我的晶体是片晶，这种结果还要做吸收校正么？ 2）用XCIF生成的最后txt文件中没有看到氢键table.可是在cif,lst文件里明明是的啊?请问这个问题如何解决? 多谢多谢! [ Last edited by Inorg@USF on 2009-7-22 at 23:50 ] |
3楼2009-07-22 23:48:15
xi2004
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是的，.txt也可以的，只是这终究是个问题不是？ 而且个人感觉生成.doc文件方便后续编辑。 TXT也很好编辑的. 1）还是我之前发帖子问，我是Fourier加的所有H原子，其中有两个氢原子 （N3-H27, N4-H26)位置不稳定，每轮计算后键长都会延长至1.4左右，没办法，我就用DFIX限制了键长0.85.可是在残峰里Q1值是1.98. 计算值收敛至Mean shift/esd = 0.004 Maximum = -0.154 for x H26，GooF = S = 1.013， R(int) = 0.0809 这样子可以接受么？我的晶体是片晶，这种结果还要做吸收校正么？ Q1 =1.98 是说的收敛以后的的残余峰高吗? N3-H27, N4-H26 如果刚开始距离比较合理, 可以用himp 0.85 h26 h27 然后在 .ins中加afix 3 而不是dfix 0.85 不过要把 h27, h26分别派在N3 N4后. 从你的叙述看, 大致也是可以的. 2）用XCIF生成的最后txt文件中没有看到氢键table.可是在cif,lst文件里明明是的啊?请问这个问题如何解决? 可能是因为你没有在.ins中加CONF计算torsion angles. 然后在xcif是, 那些关于torsion角的要回答No. 下一个H-tab的回答y, 才会有H-tab在txt中. 我这是根据的shelx的经验. 不知道shextl誓不罢休是也如此. 你试试. |
4楼2009-07-22 23:59:42
Inorg@USF
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1）还是我之前发帖子问，我是Fourier加的所有H原子................. Q1 =1.98 是说的收敛以后的的残余峰高吗? 是对,下边是残峰: Q1 1 0.6753 0.6216 1.1094 11.00000 0.05 1.96 Q2 1 1.1234 0.7465 0.6803 11.00000 0.05 1.18 Q3 1 0.2897 0.8797 -0.0906 11.00000 0.05 1.00 Q4 1 0.6002 0.6244 0.1674 11.00000 0.05 0.96 Q5 1 0.3289 0.8668 -0.2795 11.00000 0.05 0.91 N3-H27, N4-H26 如果刚开始距离比较合理, 可以用himp 0.85 h26 h27 然后在 .ins中加afix 3 而不是dfix 0.85 不过要把 h27, h26分别派在N3 N4后. 从你的叙述看, 大致也是可以的. 我用了您说的这个命令. 我在ins里加 himp 0.85 h26 h27. 出现"atim names not allowed" refine中断. 您说的afix 3就加在ins里的前面的命令行里么,不用放在特定原子前吧? 2）用XCIF生成的最后txt文件中没有看到氢键table.可是在cif,lst文件里明明是的啊?请问这个问题如何解决? 可能是因为你没有在.ins中加CONF计算torsion angles. 然后在xcif是, 那些关于torsion角的要回答No. 下一个H-tab的回答y, 才会有H-tab在txt中. 我这是根据的shelx的经验. 不知道shextl誓不罢休是也如此. 你试试. 这个问题已经搞掂了, 我在ins之前已经加了conf, 问题估计是出现在你说后者,torsion确实选了N, 而且shelxtl里,在H-TAB那一定要选一下Y才可以. 比较weird. 现在我的.txt文件已经圆满了,啥都全了. 谢谢! |
5楼2009-07-23 00:35:47
xi2004
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6楼2009-07-23 00:42:36
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7楼2009-07-23 01:04:35
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这是altert结果: SHFSU01_ALERT_2_A The absolute value of parameter shift to su ratio > 0.20 Absolute value of the parameter shift to su ratio given 0.400 Additional refinement cycles may be required. PLAT057_ALERT_3_A Correction for Absorption Required RT(exp) ... 1.83 PLAT080_ALERT_2_A Maximum Shift/Error ............................ 0.40 PLAT222_ALERT_3_A Large Non-Solvent H Ueq(max)/Ueq(min) ... 10.00 Ratio PLAT052_ALERT_1_A (Proper) Absorption Correction Method Missing .. ? PLAT122_ALERT_1_A No _symmetry_space_group_name_H-M Given ........ ? |
8楼2009-07-23 01:14:35
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这是我所有傅立叶加的H, H1 2 0.103469 0.688416 0.187603 11.000000 0.022260 H2 2 0.173652 1.073611 0.108251 11.000000 0.017120 H3 2 0.296776 1.078970 0.060519 11.000000 0.022300 H4 2 0.269743 0.668035 0.031692 11.000000 0.039100 H5 2 0.150035 0.668521 0.080366 11.000000 0.014840 H6 2 0.399883 0.796524 0.031542 11.000000 0.009960 H7 2 0.402156 0.929792 0.033554 11.000000 0.021800 H8 2 0.919100 0.683068 1.006829 11.000000 0.003320 H9 2 0.803079 0.676314 1.062991 11.000000 0.011370 H11 2 1.016001 0.576697 0.949220 11.000000 0.028020 H13 2 -0.005171 0.694017 0.250876 11.000000 0.028700 H14 2 0.014860 1.056624 0.091820 11.000000 0.033240 H15 2 -0.095014 0.955460 0.291588 11.000000 0.049720 H16 2 0.920527 0.710057 0.681450 11.000000 0.013570 H17 2 1.118059 0.575965 0.882291 11.000000 0.027680 H19 2 0.723975 0.571498 0.791373 11.000000 0.010980 H20 2 -0.163160 0.905433 0.226720 11.000000 0.042050 H21 2 -0.088614 1.065356 0.158763 11.000000 0.043080 H23 2 0.606566 0.569994 0.843406 11.000000 0.025720 H25 2 0.813763 0.697995 0.742840 11.000000 0.039330 我看不出哪个U(eq)值偏大啊？ |
9楼2009-07-23 01:17:35
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