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Yolanda9288

新虫 (小有名气)

[求助] gromacs计算速度

实验室有两台工作站,cpu相同,均没有gpu,只有内存差别,一个256g,一个384g,但是我在两台机器上计算一样的模型速度差别很大,内存高的快很多,但我看计算时,内存占用率并不高,cpu占用率都是一样的,是什么原因呢?慢的那台是不是安装gromacs的时候哪里设置不对,还是计算速度与内存关系很大?望高手指点

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aa小小佑

银虫 (职业作家)

可能是gromacs单双精度问题,?不确定双精度是否会慢

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2楼2020-09-23 22:57:57
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独孤帅帅

新虫 (小有名气)

跟内存条数量可能有关系。

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3楼2020-09-23 23:00:49
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小木翔AI

新虫 (著名写手)

4楼2020-09-23 23:09:10
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独孤帅帅

新虫 (小有名气)

跟内存条数量可能有关系。不知道你的cpu型号,我们最近配置了一台96线程的工作站,我这个cpu貌似是16通道的,所以在传输数据的时候,如果16个内存条都插满,就可以一起传输。但是如果没有插满,比如只有10个,那其他6个传输的时候,就要先等那10传输完,再传输。所以10跟16g的内存虽然一共有160g的内存,但是传输速率还不如16个4g的,虽然后者只有前者不到一半的内存。就好比,你拿10量卡车把16本书运送到16个地方,就不如我用16个小火车运送16本书。反正总量始终是超过的,那个数就很重要了。

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5楼2020-09-23 23:10:14
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独孤帅帅

新虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 独孤帅帅 at 2020-09-23 23:10:14
跟内存条数量可能有关系。不知道你的cpu型号,我们最近配置了一台96线程的工作站,我这个cpu貌似是16通道的,所以在传输数据的时候,如果16个内存条都插满,就可以一起传输。但是如果没有插满,比如只有10个,那其他 ...

小货车。。。
说的不太严禁,大概是这个意思。
所以你看下你们的内存条是不是插满了,没有的话插满,可能会好一点。

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6楼2020-09-23 23:12:01
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Yolanda9288

新虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 独孤帅帅 at 2020-09-23 23:10:14
跟内存条数量可能有关系。不知道你的cpu型号,我们最近配置了一台96线程的工作站,我这个cpu貌似是16通道的,所以在传输数据的时候,如果16个内存条都插满,就可以一起传输。但是如果没有插满,比如只有10个,那其他 ...

非常感谢您的回复,我今天看了下我们的工作站,其中一台16个插槽,插了12个32g的内存条,总共384g,另一台也是16个插槽,插了16个16g的内存条,总共256g但是有四个插槽识别不了,可能是坏了,可用只有192g,也就是12个16g,跟那台电脑插的内存条数量应该是一样的,只有单个内存条大小不一样,但是运行速度确实慢很多倍,我们的cpu都是一样的,型号是Intel Xeon E5-2630 v3 2.4GHz *2 16核 32线程,还是不知道什么原因慢5倍左右
7楼2020-09-24 13:31:35
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