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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】关于抑制剂同靶标之间的相互作用
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wuhanhgf2002

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】关于抑制剂同靶标之间的相互作用

我有一个小分子与靶标的复合物晶体结构，小分子与靶标蛋白之间成共价键相互作用，请问用什么软件可以评价两者之间的相互作用（注意它们是共价键结合）？

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-24 at 21:07 ]
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1楼 2009-07-15 09:50:08
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wuhanhgf2002

金虫 (正式写手)
有谁能指点一下啊
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2楼2009-07-15 17:08:29
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lccbat

金虫 (初入文坛)
★
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 7-16 12:23
这个很有趣，不过偶没有做过，呵呵
既然是键结合，按照分子势能计算两部分的相互作用，应该可以吧
好像不是很复杂
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3楼2009-07-16 11:24:47
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 7-16 13:16
既然是共价键，那就计算键能咯。
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4楼2009-07-16 13:00:53
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wuhanhgf2002

金虫 (正式写手)
看似很简单，但实际上有点儿麻烦，因为我们都知道，蛋白质中的每一个残基都要加上力场才能计算，因为某一个残基上的氧原子（原来是个羟基）会和小分子形成共价键，那就意味着我们在加力场的时候，该氧原子会被再次加上氢原子而形成空间上的抵触，这是其一。其二，如果我们把该残基重新定义成一个新的残基（失去一个氢原子），又会遇到第二个问题，那就是我们的小分子会和它上的氧原子形成共价键，这是一个非常强的相互作用，但是在力场中会因为两个原子靠的太近而被误认为有很大的排斥力，因为分子力学中两个粒子的相互作用是来源于弹簧振子模型，在靠的很近时会被认为有很大的斥力。所以我觉得应该只能用QM/MM的方法来算，不知道大家的意见如何？有没有更好的处理方法，因为QM/MM算起来很麻烦。谢谢
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5楼2009-07-16 20:50:44
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lccbat

金虫 (初入文坛)
★ ★ ★ ★
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 7-17 09:33
这个……，看来偶需要解释一下下
偶说的按照分子势能计算，是指参照力场计算中的能量项，逐一计算键能、键角等等。既然需要的是相互作用，可以只计算蛋白-配体连接部分的能量，当然远程作用需要计算整体分子的。
关于你的解释，偶有个问题，既然氧原子与配体结合，为什么还要加氢？
如果只是根据晶体结构计算，偶认为i不需要加氢。如果要计算反应的自由能，分子力学的方法是不行滴。呵呵
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6楼2009-07-16 23:02:35
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lccbat

金虫 (初入文坛)
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 7-17 09:34
感觉楼主是要计算反应的能量，那只能是QM/MM了
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7楼2009-07-16 23:17:14
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lccbat

金虫 (初入文坛)
★
lei0736(金币+1,VIP+0):扯平 7-17 09:34
小小地complain一下版主
偶和yalefield的建议是一样的，却少整整一个金币啊！
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8楼2009-07-16 23:23:36
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wuhanhgf2002

金虫 (正式写手)
这里说的加氢，是因为在加力场的时候，该残基会被按照模板自动加氢，这个是无法控制的，如果要想不加氢，除非重新定义一个新的残基名称，自己定义模板。
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9楼2009-07-17 10:02:01
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lccbat

金虫 (初入文坛)
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):发言有理就奖励 7-18 19:40
先谢谢版主lei0736，好人啊//tear
关于加氢的问题，忍不住感慨一个，stupid的加氢功能呀!
其实有一个很简单的解决方法，把多余的氢原子去掉即可。
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10楼2009-07-18 01:05:46
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