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wuhanhgf2002

金虫 (正式写手)

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[交流] 【求助】关于抑制剂同靶标之间的相互作用

我有一个小分子与靶标的复合物晶体结构，小分子与靶标蛋白之间成共价键相互作用，请问用什么软件可以评价两者之间的相互作用（注意它们是共价键结合）？

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-24 at 21:07 ]

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1楼 2009-07-15 09:50:08

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wuhanhgf2002

金虫 (正式写手)

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看似很简单，但实际上有点儿麻烦，因为我们都知道，蛋白质中的每一个残基都要加上力场才能计算，因为某一个残基上的氧原子（原来是个羟基）会和小分子形成共价键，那就意味着我们在加力场的时候，该氧原子会被再次加上氢原子而形成空间上的抵触，这是其一。其二，如果我们把该残基重新定义成一个新的残基（失去一个氢原子），又会遇到第二个问题，那就是我们的小分子会和它上的氧原子形成共价键，这是一个非常强的相互作用，但是在力场中会因为两个原子靠的太近而被误认为有很大的排斥力，因为分子力学中两个粒子的相互作用是来源于弹簧振子模型，在靠的很近时会被认为有很大的斥力。所以我觉得应该只能用QM/MM的方法来算，不知道大家的意见如何？有没有更好的处理方法，因为QM/MM算起来很麻烦。谢谢