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wuhanhgf2002

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】关于抑制剂同靶标之间的相互作用

我有一个小分子与靶标的复合物晶体结构,小分子与靶标蛋白之间成共价键相互作用,请问用什么软件可以评价两者之间的相互作用(注意它们是共价键结合)?

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-24 at 21:07 ]
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lccbat

金虫 (初入文坛)

★ ★ ★ ★
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 7-17 09:33
这个……,看来偶需要解释一下下
偶说的按照分子势能计算,是指参照力场计算中的能量项,逐一计算键能、键角等等。既然需要的是相互作用,可以只计算蛋白-配体连接部分的能量,当然远程作用需要计算整体分子的。
关于你的解释,偶有个问题,既然氧原子与配体结合,为什么还要加氢?
如果只是根据晶体结构计算,偶认为i不需要加氢。如果要计算反应的自由能,分子力学的方法是不行滴。呵呵
6楼2009-07-16 23:02:35
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wuhanhgf2002

金虫 (正式写手)

有谁能指点一下啊
2楼2009-07-15 17:08:29
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lccbat

金虫 (初入文坛)


lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 7-16 12:23
这个很有趣,不过偶没有做过,呵呵
既然是键结合,按照分子势能计算两部分的相互作用,应该可以吧
好像不是很复杂
3楼2009-07-16 11:24:47
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚

★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 7-16 13:16
既然是共价键,那就计算键能咯。
4楼2009-07-16 13:00:53
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