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【求助】分子表面静电势的计算
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最近想要计算分子表面静电势，看了一些文献，但不知道怎么计算及计算后out文件的分析，想向各位请教一下： 1.计算时使用的关键词是什么？文献中提到：用Gaussian 98W对各个分子进行HF/ 6-31G* 水平上的进一步优化,并在优化结构基础上,进行静电势的计算. 静电势的计算采用格点法,立方格精度设定为Cube = 100. 这样对每个分子而言,可获得近1003 个点的静电势. 然后,对这些点的静电势进行统计计算以获取所需的参数. 2.怎么在out文件中提取静电势的信息？想要求这几个静电势：Vmin和Vs ,min ,分别表示分子空间内和分子表面上最负的静电势; ΣV+s 和ΣV-s ,分子表面正的静电势和负的静电势求和,表面静电势的平衡参数(ν). 希望多多指点，先谢谢了  相关文献：基于分子表面静电势参数研究多环芳烃化合物的定量结构- 性质关系：http://d.namipan.com/d/de34412e0 ... 98514477a0ca5e30400 [ Last edited by zhumenjun on 2009-7-14 at 15:34 ] |
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lei0736(金币+5,VIP+0):谢谢 一堆木虫啊 7-15 20:14
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静电势的获得有三种途径： 1、基于计算完的chk文件，转化为fchk，然后用GV打开fchk文件——result——surface——new cube——ESP——计算完new surface那项自己试一下就知道了 2、基于计算完的chk文件，在linux下用cubegen命令生成静电势，命令格式： cubegen 0 potential 1.fchk 1.potential 0 h 3、基于最有结构采用cube命令来计算，这个我不熟悉，你可以查高斯手册关键词 你列的参考文献的情况应该使用的是第三种方法，其他两种也可以，呵呵，希望对你有所帮助 |
2楼2009-07-15 15:07:41
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请见我的跟帖： http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1427355&fpage=2 这里是调用cubegen命令。 另一种方式是，在命令行用关键字cube=(potential,cards)，需要自己输入格点数、起始点、格点间隔，各项手册上都有说明。 示例如下，这是作H2的potential： # HF/6-311++G** POP=FULL IOP(6/7=3) cube=( potential,cards) H2- potential 0,1 1 0.0 0.0 0.0 1 0.735396 0.0 0.0 H2- potential.cube -51 -2.0 -2.0 -2.0 80 0.050 0.000 0.000 80 0.000 0.050 0.000 80 0.000 0.000 0.050 得到的cube文件，可以去作图。 也可以进入gsgrid程序，选择一个截面，再进入sigmaplot作这剖面的等值线图。 下面是这样作出来的HCOOH净电势的图例：  [ Last edited by zhou2009 on 2009-7-16 at 10:05 ] |
3楼2009-07-16 10:02:53
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你的跟帖挺好，呵呵，但是稍微有些麻烦 你生成cube文件的方法，其实可以用一个命令就能达到目的。 你生成MO和电子密度用了多步输入，其实，实现你的那个帖子的功能，只需要如下1个命令 cubegen 0 MO=n jobname.fchk Jobname.cube 0 h 楼主的100*100*100的cube文件，可以如下生成 cubegen 0 MO=n jobname.fchk Jobname.cube 100 h(计算某个分子轨道) cubegen 0 density jobname.fchk Jobname.cube 100 h(计算电子密度) cubegen 0 potential jobname.fchk jobname.cube 100 h(计算静电势) 等等 这些命令均可在Linux界面下直接敲，也可以在dos界面下直接敲 |
4楼2009-07-16 14:11:33
zhou2009
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5楼2009-07-17 09:02:04
