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【求助】分子表面静电势的计算
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最近想要计算分子表面静电势，看了一些文献，但不知道怎么计算及计算后out文件的分析，想向各位请教一下： 1.计算时使用的关键词是什么？文献中提到：用Gaussian 98W对各个分子进行HF/ 6-31G* 水平上的进一步优化,并在优化结构基础上,进行静电势的计算. 静电势的计算采用格点法,立方格精度设定为Cube = 100. 这样对每个分子而言,可获得近1003 个点的静电势. 然后,对这些点的静电势进行统计计算以获取所需的参数. 2.怎么在out文件中提取静电势的信息？想要求这几个静电势：Vmin和Vs ,min ,分别表示分子空间内和分子表面上最负的静电势; ΣV+s 和ΣV-s ,分子表面正的静电势和负的静电势求和,表面静电势的平衡参数(ν). 希望多多指点，先谢谢了  相关文献：基于分子表面静电势参数研究多环芳烃化合物的定量结构- 性质关系：http://d.namipan.com/d/de34412e0 ... 98514477a0ca5e30400 [ Last edited by zhumenjun on 2009-7-14 at 15:34 ] |
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lei0736(金币+6,VIP+0):谢谢 7-16 10:30
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请见我的跟帖： http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1427355&fpage=2 这里是调用cubegen命令。 另一种方式是，在命令行用关键字cube=(potential,cards)，需要自己输入格点数、起始点、格点间隔，各项手册上都有说明。 示例如下，这是作H2的potential： # HF/6-311++G** POP=FULL IOP(6/7=3) cube=( potential,cards) H2- potential 0,1 1 0.0 0.0 0.0 1 0.735396 0.0 0.0 H2- potential.cube -51 -2.0 -2.0 -2.0 80 0.050 0.000 0.000 80 0.000 0.050 0.000 80 0.000 0.000 0.050 得到的cube文件，可以去作图。 也可以进入gsgrid程序，选择一个截面，再进入sigmaplot作这剖面的等值线图。 下面是这样作出来的HCOOH净电势的图例：  [ Last edited by zhou2009 on 2009-7-16 at 10:05 ] |
3楼2009-07-16 10:02:53
zhou2009
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