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zhumenjun

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】分子表面静电势的计算

最近想要计算分子表面静电势，看了一些文献，但不知道怎么计算及计算后out文件的分析，想向各位请教一下：
1.计算时使用的关键词是什么？文献中提到：用Gaussian 98W对各个分子进行HF/ 6-31G*
水平上的进一步优化,并在优化结构基础上,进行静电势的计算. 静电势的计算采用格点法,立方格精度设定为Cube = 100. 这样对每个分子而言,可获得近1003 个点的静电势. 然后,对这些点的静电势进行统计计算以获取所需的参数.
2.怎么在out文件中提取静电势的信息？想要求这几个静电势：Vmin和Vs ,min ,分别表示分子空间内和分子表面上最负的静电势; ΣV+s 和ΣV-s ,分子表面正的静电势和负的静电势求和,表面静电势的平衡参数(ν).
希望多多指点，先谢谢了
相关文献：基于分子表面静电势参数研究多环芳烃化合物的定量结构- 性质关系：http://d.namipan.com/d/de34412e0 ... 98514477a0ca5e30400

[ Last edited by zhumenjun on 2009-7-14 at 15:34 ]
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1楼2009-07-14 15:32:41
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zlding

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★
lei0736(金币+5,VIP+0):谢谢 一堆木虫啊 7-15 20:14
静电势的获得有三种途径：
1、基于计算完的chk文件，转化为fchk，然后用GV打开fchk文件——result——surface——new cube——ESP——计算完new surface那项自己试一下就知道了
2、基于计算完的chk文件，在linux下用cubegen命令生成静电势，命令格式：
cubegen 0 potential 1.fchk 1.potential 0 h
3、基于最有结构采用cube命令来计算，这个我不熟悉，你可以查高斯手册关键词
你列的参考文献的情况应该使用的是第三种方法，其他两种也可以，呵呵，希望对你有所帮助
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2楼2009-07-15 15:07:41
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zhou2009

版主 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
lei0736(金币+6,VIP+0):谢谢 7-16 10:30
请见我的跟帖：
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1427355&fpage=2
这里是调用cubegen命令。

另一种方式是，在命令行用关键字cube=(potential,cards)，需要自己输入格点数、起始点、格点间隔，各项手册上都有说明。
示例如下，这是作H2的potential：

# HF/6-311++G**  POP=FULL  IOP(6/7=3)  cube=( potential,cards)  

H2- potential

0,1
1  0.0  0.0  0.0
1  0.735396  0.0  0.0

H2- potential.cube
-51  -2.0   -2.0   -2.0
80  0.050  0.000  0.000
80  0.000  0.050  0.000
80  0.000  0.000  0.050

得到的cube文件，可以去作图。

也可以进入gsgrid程序，选择一个截面，再进入sigmaplot作这剖面的等值线图。
下面是这样作出来的HCOOH净电势的图例：



[ Last edited by zhou2009 on 2009-7-16 at 10:05 ]
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3楼2009-07-16 10:02:53
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主
★ ★ ★ ★ ★
lei0736(金币+5,VIP+0):谢谢 7-16 15:26
引用回帖:
Originally posted by zhou2009 at 2009-7-16 10:02:
请见我的跟帖：
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1427355&fpage=2
这里是调用cubegen命令。

另一种方式是，在命令行用关键字cube=(potential,cards)，需要自己输入格点数、起始点、 ...

你的跟帖挺好，呵呵，但是稍微有些麻烦
你生成cube文件的方法，其实可以用一个命令就能达到目的。
你生成MO和电子密度用了多步输入，其实，实现你的那个帖子的功能，只需要如下1个命令
cubegen 0 MO=n jobname.fchk Jobname.cube 0 h
楼主的100*100*100的cube文件，可以如下生成
cubegen 0 MO=n jobname.fchk Jobname.cube 100 h(计算某个分子轨道)
cubegen 0 density jobname.fchk Jobname.cube 100 h(计算电子密度)
cubegen 0 potential jobname.fchk jobname.cube 100 h(计算静电势)
等等
这些命令均可在Linux界面下直接敲，也可以在dos界面下直接敲
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4楼2009-07-16 14:11:33
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zhou2009

版主 (著名写手)
★ ★ ★
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 7-17 09:30
谢谢！yjcmwgk

我上面的跟帖，是从手册学习cube和实际操作做的笔记，对各参数作了说明，照贴出来了。真正运行时自然是你推荐的方便、简明。

题外说一句：
如果作电子密度差Δρ，还是用关键字cube=(density,cards)为好，以便严格控制多个cube文件有相同的格点数、起始点、格点间隔，形成完全相同的坐标，以便相差。
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5楼2009-07-17 09:02:04
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