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sphingan

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[求助] Nanopore测序的细菌完成图，16S多拷贝间同源性非100% 已有3人参与

一株新菌在百迈客测基因组完成图，百迈客推荐了Nanopore测序，完成了圈图上传了序列。由于基因组数据审稿被退，审稿专家质疑了Nanopore的完成图，主要依据是试验菌株基因组中有5个16S rRNA基因序列，这5个序列间的相似度仅为99.4%左右。
想换个公司解决这个问题，咨询一下，这种情况该如何处理，重新PB测完成图，还是重新测二代能校正基因组数据，希望得到帮助，非常感谢！

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1楼 2020-06-08 19:27:17

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sphingan

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引用回帖:

8楼: Originally posted by clark2010 at 2020-06-12 16:27:02
我记得。细菌的16 S 本来就不是100%对应的吧。我觉得你可以找找NCBI 已经发表的模式菌的完成图，看看16 S是否100%匹配。
另外，查一下相关文献，看看有没有说这个事情的。

我们以前测的细菌完成图，16S也是100%，的确是测序方法的问题，比对了很多菌株完成图，Nanopore非100%的多