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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » Nanopore测序的细菌完成图，16S多拷贝间同源性非100%
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sphingan

新虫 (初入文坛)

[求助] Nanopore测序的细菌完成图，16S多拷贝间同源性非100% 已有3人参与

一株新菌在百迈客测基因组完成图，百迈客推荐了Nanopore测序，完成了圈图上传了序列。由于基因组数据审稿被退，审稿专家质疑了Nanopore的完成图，主要依据是试验菌株基因组中有5个16S rRNA基因序列，这5个序列间的相似度仅为99.4%左右。
想换个公司解决这个问题，咨询一下，这种情况该如何处理，重新PB测完成图，还是重新测二代能校正基因组数据，希望得到帮助，非常感谢！
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1楼 2020-06-08 19:27:17
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jurkat.1640

至尊木虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

都知道全基因组了，自己PCR克隆测序就知道什么情况了。
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6楼2020-06-12 11:59:05
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biosci

捐助贵宾 (知名作家)
可以人工单测16s

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2楼2020-06-08 20:06:38
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clark2010

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
sphingan: 金币+10, ★有帮助, 谢谢！ 2020-06-14 17:30:34
我记得。细菌的16 S 本来就不是100%对应的吧。我觉得你可以找找NCBI 已经发表的模式菌的完成图，看看16 S是否100%匹配。
另外，查一下相关文献，看看有没有说这个事情的。
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8楼2020-06-12 16:27:02
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普通回帖

sphingan

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by biosci at 2020-06-08 20:06:38
可以人工单测16s

需要基因组数据支撑新种的判定，审稿专家通过16S多拷贝的同源性问题，质疑了 Nanopore测序数据准确性，类似的研究可能需要谨慎选择测序方法了。现在是不想从头再做一个完成图，太浪费了。
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3楼2020-06-09 07:51:28
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oceanbird

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
sphingan: 金币+10, ★有帮助, 谢谢 2020-06-11 15:48:00
这种现象其实已经存在于自然分离的菌株，你可以举出例子来反驳，某些环境压力可以造成16S基因的突变，甚至拷贝数的改变 。
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4楼2020-06-11 10:59:06
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sphingan

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by oceanbird at 2020-06-11 10:59:06
这种现象其实已经存在于自然分离的菌株，你可以举出例子来反驳，某些环境压力可以造成16S基因的突变，甚至拷贝数的改变 。

肯定是Nanopore测序数据有问题，高度怀疑测序公司没有用二代数据校正。建议同行测新菌基因组谨慎选择Nanopore，后续处理起来很麻烦，正在换测序公司补充校正数据。
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5楼2020-06-11 15:47:43
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sphingan

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by jurkat.1640 at 2020-06-12 11:59:05
都知道全基因组了，自己PCR克隆测序就知道什么情况了。

通过16S多拷贝间的同源性，质疑了基因组数据的准确性，克隆测序已经做了，说明不了基因组数据的准确。
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7楼2020-06-12 15:37:33
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sphingan

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by clark2010 at 2020-06-12 16:27:02
我记得。细菌的16 S 本来就不是100%对应的吧。我觉得你可以找找NCBI 已经发表的模式菌的完成图，看看16 S是否100%匹配。
另外，查一下相关文献，看看有没有说这个事情的。

我们以前测的细菌完成图，16S也是100%，的确是测序方法的问题，比对了很多菌株完成图，Nanopore非100%的多
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9楼2020-06-14 17:32:39
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zyz2007

金虫 (正式写手)
测序覆盖度是多少？组装后是否经过了polish？用的哪种方法，经过了几轮polish？

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10楼2020-07-05 06:53:51
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