应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » Nanopore测序的细菌完成图，16S多拷贝间同源性非100%
111/2返回列表12下一页
查看: 2333  |  回复: 10
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

sphingan

新虫 (初入文坛)

[求助] Nanopore测序的细菌完成图，16S多拷贝间同源性非100% 已有3人参与

一株新菌在百迈客测基因组完成图，百迈客推荐了Nanopore测序，完成了圈图上传了序列。由于基因组数据审稿被退，审稿专家质疑了Nanopore的完成图，主要依据是试验菌株基因组中有5个16S rRNA基因序列，这5个序列间的相似度仅为99.4%左右。
想换个公司解决这个问题，咨询一下，这种情况该如何处理，重新PB测完成图，还是重新测二代能校正基因组数据，希望得到帮助，非常感谢！
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2020-06-08 19:27:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

jurkat.1640

至尊木虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

都知道全基因组了，自己PCR克隆测序就知道什么情况了。
赞一下(2人) 回复此楼
6楼2020-06-12 11:59:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

biosci

捐助贵宾 (职业作家)
可以人工单测16s

发自小木虫Android客户端
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2020-06-08 20:06:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

clark2010

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
sphingan: 金币+10, ★有帮助, 谢谢！ 2020-06-14 17:30:34
我记得。细菌的16 S 本来就不是100%对应的吧。我觉得你可以找找NCBI 已经发表的模式菌的完成图，看看16 S是否100%匹配。
另外，查一下相关文献，看看有没有说这个事情的。
赞一下(1人) 回复此楼
8楼2020-06-12 16:27:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

sphingan

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by biosci at 2020-06-08 20:06:38
可以人工单测16s

需要基因组数据支撑新种的判定，审稿专家通过16S多拷贝的同源性问题，质疑了 Nanopore测序数据准确性，类似的研究可能需要谨慎选择测序方法了。现在是不想从头再做一个完成图，太浪费了。
赞一下 回复此楼
3楼2020-06-09 07:51:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

oceanbird

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
sphingan: 金币+10, ★有帮助, 谢谢 2020-06-11 15:48:00
这种现象其实已经存在于自然分离的菌株，你可以举出例子来反驳，某些环境压力可以造成16S基因的突变，甚至拷贝数的改变 。
赞一下 回复此楼
4楼2020-06-11 10:59:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sphingan

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by oceanbird at 2020-06-11 10:59:06
这种现象其实已经存在于自然分离的菌株，你可以举出例子来反驳，某些环境压力可以造成16S基因的突变，甚至拷贝数的改变 。

肯定是Nanopore测序数据有问题，高度怀疑测序公司没有用二代数据校正。建议同行测新菌基因组谨慎选择Nanopore，后续处理起来很麻烦，正在换测序公司补充校正数据。
赞一下 回复此楼
5楼2020-06-11 15:47:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sphingan

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by jurkat.1640 at 2020-06-12 11:59:05
都知道全基因组了，自己PCR克隆测序就知道什么情况了。

通过16S多拷贝间的同源性，质疑了基因组数据的准确性，克隆测序已经做了，说明不了基因组数据的准确。
赞一下 回复此楼
7楼2020-06-12 15:37:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sphingan

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by clark2010 at 2020-06-12 16:27:02
我记得。细菌的16 S 本来就不是100%对应的吧。我觉得你可以找找NCBI 已经发表的模式菌的完成图，看看16 S是否100%匹配。
另外，查一下相关文献，看看有没有说这个事情的。

我们以前测的细菌完成图，16S也是100%，的确是测序方法的问题，比对了很多菌株完成图，Nanopore非100%的多
赞一下 回复此楼
9楼2020-06-14 17:32:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zyz2007

金虫 (正式写手)
测序覆盖度是多少？组装后是否经过了polish？用的哪种方法，经过了几轮polish？

发自小木虫IOS客户端
赞一下 回复此楼
10楼2020-07-05 06:53:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 sphingan 的主题更新
111/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭