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staphlee

金虫 (正式写手)

[交流] 大家讨论一下使用platon来做空间群测试的时机好吗?

请教大家
1.大家都是什么时机会用platon来做空间群测试呢???
  在xprep之前??xprep之后??还是解完所有非氢原子之后???
2.听很多人说降低空间群会比较好解结构
  那大家会故意在xprep的时候降低空间群来解吗??
  之后再用platon升??
3.大家空间群的指令都是在platon用Addsym然后Addsym shelx?就这样吗??还是有其他要注意的??升完之后...要看哪些文件和修改?
这些问题一直困惑我这种初学者
有经验的人讲一下好吗??
谢谢
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hljiang

铁杆木虫 (著名写手)

★ ★ ★ ★
staphlee(金币+1,VIP+0): 7-12 08:48
staphlee(金币+3,VIP+0):可以简单说一下大概可能要做哪些变动吗? 7-12 08:56
1,基本上骨架解出来之后再检查,否则检查也似乎用处不大
2,要看数据,有的数据不降低空间群很难搞定的时候,先考虑降低空间群来获得初结构,然后再升高空间群
3,用addsym检查,用addsym shelx来改变res文件,然后把res复制到ins后(有时候还要作些简单变动),然后精修
岂能尽如人意,但求无愧吾心
2楼2009-07-12 08:43:25
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staphlee

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by hljiang at 2009-7-12 08:43:
1,基本上骨架解出来之后再检查,否则检查也似乎用处不大
2,要看数据,有的数据不降低空间群很难搞定的时候,先考虑降低空间群来获得初结构,然后再升高空间群
3,用addsym检查,用addsym shelx来改变res文件, ...

所以在2.中的问题
都是先用xprep的预设选项是吗???
解不出来再降空间群...对吧
那要怎样降呢???晕...不太懂
3楼2009-07-12 08:50:08
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hljiang

铁杆木虫 (著名写手)

当然先看xprep
岂能尽如人意,但求无愧吾心
4楼2009-07-12 08:56:02
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staphlee

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by hljiang at 2009-7-12 08:43:
1,基本上骨架解出来之后再检查,否则检查也似乎用处不大
2,要看数据,有的数据不降低空间群很难搞定的时候,先考虑降低空间群来获得初结构,然后再升高空间群
3,用addsym检查,用addsym shelx来改变res文件, ...

在3.中精修完...就好了吗??
还是需要做啥变更??
我看过有人在.ins里面有SFAC一大长串C, H, ....每个原子的座标??
那是在提升空间群之后自动产生的吧(請看最下面)
但是我好像在哪个地方看过....再升完空间群之后要把那些删掉??是这样的吗??
还是就留着就好...这个不影响发表publication的时候吧

如: (這些要刪掉只留下 SFAC C H Fe N嗎??)
SYMM     0.50000 - X ,            - Y ,    0.50000 + Z
SYMM     0.50000 + X ,    0.50000 - Y ,            - Z
SYMM             - X ,    0.50000 + Y ,    0.50000 - Z
SFAC
SFAC C   2.3100 20.8439  1.0200 10.2075  1.5886  0.5687  0.8650 51.6512  =
        0.2156  0.0033  0.0016 11.5000 0.680 12.01000
SFAC
SFAC H   0.4930 10.5109  0.3229 26.1257  0.1402  3.1424  0.0408 57.7998  =
        0.0030  0.0000  0.0000  0.6240 0.350  1.00800
SFAC
SFAC Fe 11.7695  4.7611  7.3573  0.3072  3.5222 15.3535  2.3045 76.8806  =
        1.0369  0.3463  0.8444 3490.0000 1.450 55.85000
SFAC
SFAC N  12.2126  0.0057  3.1322  9.8933  2.0125 28.9975  1.1663  0.5826  =
       -11.5290  0.0061  0.0033 19.6000 0.680 14.01000
5楼2009-07-12 09:01:36
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)


staphlee(金币+1,VIP+0): 7-12 09:28
老弟要弄明白SFAC的含义.

那后面一长串弄不弄掉无所谓.
xi2004-emuch@163.com
6楼2009-07-12 09:07:08
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hljiang

铁杆木虫 (著名写手)


staphlee(金币+1,VIP+0): 7-12 09:35
引用回帖:
Originally posted by staphlee at 2009-7-12 09:01:


在3.中精修完...就好了吗??
还是需要做啥变更??
我看过有人在.ins里面有SFAC一大长串C, H, ....每个原子的座标??
那是在提升空间群之后自动产生的吧(請看最下面)
但是我好像在哪个地方看过....再升完空 ...

可以删除,支流元素符号。

似乎不删也可以。

一般最好不要各项异性后再检查,因为那样产生的文件做的变动更大。

不做各项异性将产生的res直接拷贝为ins基本不用变动什么。

这个要具体问题具体对待,不好一概而论,如果你有具体问题再问具体怎么解决,ok?
岂能尽如人意,但求无愧吾心
7楼2009-07-12 09:33:47
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staphlee

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by hljiang at 2009-7-12 09:33:



可以删除,支流元素符号。

似乎不删也可以。

一般最好不要各项异性后再检查,因为那样产生的文件做的变动更大。

不做各项异性将产生的res直接拷贝为ins基本不用变动什么。

这个要具体问题具体对 ...

支流元素符号??这个是什么意思阿??不懂??那些数字叫做支流元素符号吗??
所以大哥你的意思是说
我在找完所有的原子之后...精修几次...然后就用platon检查空间群??
之后再回到xl作精修....之后再到xp里面加氢
在精修??...这样的程序对吗???

除了在platon检查空间群的时候...大哥你还会顺便检查哪些呢???
在完全解出结构之后....你还会用platon做哪些测试??可以简单讲一下吗??
感恩
8楼2009-07-12 09:38:10
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staphlee

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by hljiang at 2009-7-12 08:56:
当然先看xprep

所以不需要故意降低空间群对吧??
只需要用xprep的预设值
之后解出其他的非氢原子在做platon的空间群检测
对吧???

那如果要降空间群....要在哪降呢???怎降阿??
9楼2009-07-12 09:45:50
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)


staphlee(金币+1,VIP+0): 7-12 09:55
引用回帖:
Originally posted by staphlee at 2009-7-12 09:45:


所以不需要故意降低空间群对吧??
只需要用xprep的预设值

当然, 能在高对称性解好,为何要降呢?
另外,注意xprep帮你选的空间群有时也会搞错. 还是要顺便检查一下其列出的消光条件为好.



之后解出其他的非氢原子在做platon的空间群检测
对吧???

那如果要降空间群....要在哪降呢???怎降阿??

解不出来时, 可再回头在xprep中降.
也可以在.ins中, 直接该latt 类型, +的改成-的, 就使得有心对称的降成非心对称了.
xi2004-emuch@163.com
10楼2009-07-12 09:52:24
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