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staphlee

金虫 (正式写手)

[交流] 大家讨论一下使用platon来做空间群测试的时机好吗?

请教大家
1.大家都是什么时机会用platon来做空间群测试呢???
  在xprep之前??xprep之后??还是解完所有非氢原子之后???
2.听很多人说降低空间群会比较好解结构
  那大家会故意在xprep的时候降低空间群来解吗??
  之后再用platon升??
3.大家空间群的指令都是在platon用Addsym然后Addsym shelx?就这样吗??还是有其他要注意的??升完之后...要看哪些文件和修改?
这些问题一直困惑我这种初学者
有经验的人讲一下好吗??
谢谢
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staphlee

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by hljiang at 2009-7-12 08:56:
当然先看xprep

所以不需要故意降低空间群对吧??
只需要用xprep的预设值
之后解出其他的非氢原子在做platon的空间群检测
对吧???

那如果要降空间群....要在哪降呢???怎降阿??
9楼2009-07-12 09:45:50
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hljiang

铁杆木虫 (著名写手)

★ ★ ★ ★
staphlee(金币+1,VIP+0): 7-12 08:48
staphlee(金币+3,VIP+0):可以简单说一下大概可能要做哪些变动吗? 7-12 08:56
1,基本上骨架解出来之后再检查,否则检查也似乎用处不大
2,要看数据,有的数据不降低空间群很难搞定的时候,先考虑降低空间群来获得初结构,然后再升高空间群
3,用addsym检查,用addsym shelx来改变res文件,然后把res复制到ins后(有时候还要作些简单变动),然后精修
岂能尽如人意,但求无愧吾心
2楼2009-07-12 08:43:25
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staphlee

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by hljiang at 2009-7-12 08:43:
1,基本上骨架解出来之后再检查,否则检查也似乎用处不大
2,要看数据,有的数据不降低空间群很难搞定的时候,先考虑降低空间群来获得初结构,然后再升高空间群
3,用addsym检查,用addsym shelx来改变res文件, ...

所以在2.中的问题
都是先用xprep的预设选项是吗???
解不出来再降空间群...对吧
那要怎样降呢???晕...不太懂
3楼2009-07-12 08:50:08
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staphlee

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by hljiang at 2009-7-12 08:43:
1,基本上骨架解出来之后再检查,否则检查也似乎用处不大
2,要看数据,有的数据不降低空间群很难搞定的时候,先考虑降低空间群来获得初结构,然后再升高空间群
3,用addsym检查,用addsym shelx来改变res文件, ...

在3.中精修完...就好了吗??
还是需要做啥变更??
我看过有人在.ins里面有SFAC一大长串C, H, ....每个原子的座标??
那是在提升空间群之后自动产生的吧(請看最下面)
但是我好像在哪个地方看过....再升完空间群之后要把那些删掉??是这样的吗??
还是就留着就好...这个不影响发表publication的时候吧

如: (這些要刪掉只留下 SFAC C H Fe N嗎??)
SYMM     0.50000 - X ,            - Y ,    0.50000 + Z
SYMM     0.50000 + X ,    0.50000 - Y ,            - Z
SYMM             - X ,    0.50000 + Y ,    0.50000 - Z
SFAC
SFAC C   2.3100 20.8439  1.0200 10.2075  1.5886  0.5687  0.8650 51.6512  =
        0.2156  0.0033  0.0016 11.5000 0.680 12.01000
SFAC
SFAC H   0.4930 10.5109  0.3229 26.1257  0.1402  3.1424  0.0408 57.7998  =
        0.0030  0.0000  0.0000  0.6240 0.350  1.00800
SFAC
SFAC Fe 11.7695  4.7611  7.3573  0.3072  3.5222 15.3535  2.3045 76.8806  =
        1.0369  0.3463  0.8444 3490.0000 1.450 55.85000
SFAC
SFAC N  12.2126  0.0057  3.1322  9.8933  2.0125 28.9975  1.1663  0.5826  =
       -11.5290  0.0061  0.0033 19.6000 0.680 14.01000
5楼2009-07-12 09:01:36
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