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分子动力学计算均方回转半径 已有3人参与
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跑分子动力学计算均方回转半径的时候，跑的步长足够长，但是均方回转半径就是不能稳定在一个值左右，计算平均值也不符合与链长0.6的标度指数。链长越长，偏差越大。（链长分子数20-120）这是为什么。  |
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2楼2020-05-27 21:19:35
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3楼2020-05-28 00:35:23
4楼2020-05-29 18:13:57
5楼2020-05-29 18:18:05
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这个问题去年已经解决了，突然想起来就回来记录一下。我的计算是正确的，但是取样有问题。 1. 当时没有意识到采样间隔对结果的影响，间隔设置太小，相当于一会儿看一下一会儿看一下，它当然是在剧烈波动的（不波动才奇怪呢）；因此想要得到一个统计平均的结果，需要比较长的时间间隔（我后来设置为大约链的一个松弛时间），和足够长的统计步数（要统计成千上万个样本，我统计了两千次）。 2. 只输出一个结果。当我明白这个波动并不意味着计算错误，就不再执着看每个统计的细节，因此做十到二十个平行样本，每个样本只输出一个结果就够了。 3. 标度问题：纯粹就是算错了_(:з」∠)_ 标度就是指数，就是对数图的斜率。均方回转半径Rg2～N^1.2，这个计算出的斜率应该是1.2 。 |
6楼2021-03-13 10:41:27
1262166712
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7楼2022-02-16 14:03:17
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我刚刚看到，楼上同学应该已经解决了  ，不过还是回复一下以便后来同有此问的同学们参考。线形链的均方末端距是用（最后一个单体的矢量坐标-第一个单体的坐标），然后求平方。在一个代码中每隔一段时间输出一次，把这些输出的末端距累加，最后再做平均就得到均方末端距。均方回转半径是求解质量分布张量，很多文献中会有质量分布张量的表达式，三维的质量分布张量对应三个特征值，此三个特征值的和就是回转半径的平方。求平均的方法同均方末端距。 该方法出处参考 the art of molecular dynamics simulation 一书（第二版），第九章9.4，有公式和代码的详细解释。书附赠c语言的代码写得非常完整，可以直接拿来用。 |
8楼2022-04-19 13:25:40