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分子动力学计算均方回转半径 已有3人参与
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跑分子动力学计算均方回转半径的时候，跑的步长足够长，但是均方回转半径就是不能稳定在一个值左右，计算平均值也不符合与链长0.6的标度指数。链长越长，偏差越大。（链长分子数20-120）这是为什么。  |
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我刚刚看到，楼上同学应该已经解决了  ，不过还是回复一下以便后来同有此问的同学们参考。线形链的均方末端距是用（最后一个单体的矢量坐标-第一个单体的坐标），然后求平方。在一个代码中每隔一段时间输出一次，把这些输出的末端距累加，最后再做平均就得到均方末端距。均方回转半径是求解质量分布张量，很多文献中会有质量分布张量的表达式，三维的质量分布张量对应三个特征值，此三个特征值的和就是回转半径的平方。求平均的方法同均方末端距。 该方法出处参考 the art of molecular dynamics simulation 一书（第二版），第九章9.4，有公式和代码的详细解释。书附赠c语言的代码写得非常完整，可以直接拿来用。 |
8楼2022-04-19 13:25:40
一顿吃伍两
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2楼2020-05-27 21:19:35
hdx1991
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3楼2020-05-28 00:35:23
4楼2020-05-29 18:13:57