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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 专家会诊 » 分子动力学计算均方回转半径
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这只小铆锚

新虫 (小有名气)

[交流] 分子动力学计算均方回转半径 已有3人参与

跑分子动力学计算均方回转半径的时候，跑的步长足够长，但是均方回转半径就是不能稳定在一个值左右，计算平均值也不符合与链长0.6的标度指数。链长越长，偏差越大。（链长分子数20-120）这是为什么。
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1楼 2020-05-27 21:04:30
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这只小铆锚

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by hdx1991 at 2020-05-28 00:35:23
回旋半径的定义不是半径

嗯嗯，用的质量回转张量矩阵 三个特征值相加的方法算的。（这个算法是抄的The Art of Molecular Dynamics Simulation书上第二章_(:з」∠)_  ）分子链Rg特别大。
想不出来为什么。
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5楼2020-05-29 18:18:05
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一顿吃伍两

金虫 (著名写手)
★
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确定分析程序没错吗？确定的话到也没问题，我以前算的也是偏差很大，结合结构看一看

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2楼2020-05-27 21:19:35
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hdx1991

新虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
回旋半径的定义不是半径

发自小木虫Android客户端
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3楼2020-05-28 00:35:23
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这只小铆锚

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 一顿吃伍两 at 2020-05-27 21:19:35
确定分析程序没错吗？确定的话到也没问题，我以前算的也是偏差很大，结合结构看一看

数值不稳定很有可能是取样的问题，解决之后它依旧不符合 Rg~链长^3/5 的标度关系，我很困惑。三维自由空间模拟真实链，Zimm模型。
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4楼2020-05-29 18:13:57
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