应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 求帮忙找SHARP蛋白的基因片段
51/1返回列表
查看: 819  |  回复: 5
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

jing182

银虫 (初入文坛)

[求助] 求帮忙找SHARP蛋白的基因片段 已有1人参与

求助大神帮忙找下面这篇文章的gene，想要表达SHARP蛋白 （286个氨基酸），已找到包含这个序列的总体基因，但是针对SHARP的基因片段却找不到。
The crystal structure of the Split End protein SHARP adds a new layer of complexity to proteins containing RNA recognition motifs
想要表达的蛋白质序列
FGIKVQNLPVRSTDTSLKDGLFHEFKKFGKVTSVQIHGTSEERYGLVFFRQQEDQEKALTASKGKLFFGMQIEVTAWIGPETESENEFRPLDERIDEFHPKATRTLFIGNLEKTTTYHDLRNIFQRFGEIVDIDIKKVNGVPQYAFLQYCDIASVCKAIKKMDGEYLGNNRLKLGFGKSMPTNCVWLDGLSSNVSDQYLTRHFCRYGPVVKVVFDRLKGMALVLYNEIEYAQAAVKETKGRKIGGNKIKVDFANRESQLAFYHCMEKSGQDIRDFYEMLAERREER
包含此序列的基因
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuc ... ;amp;report=genbank，
非常感谢！
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2020-04-26 12:23:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

博士苑

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by jing182 at 2020-04-28 02:00:53
谢谢你的建议，我试着找了几个包含这个序列的基因，总算找到了一个能对上的，想请问一下gene bank中的序列会有错吗？为什么同样的东西有的就是对不上呢...

genebank的序列不会错，官方数据库给出的序列是可以的

至于序列差异，你可以选用不同的数据库，比如ensembl，多方数据比对查看，确定序列确切性（注意版本）
赞一下 回复此楼
5楼2020-04-28 10:40:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 6 个回答

博士苑

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jing182: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢 2020-04-28 01:57:56
这个就比对比较麻烦，不断组合筛选

先把DNA序列通过网页或软件转换成AA氨基酸序列

ctrl + F 比对相同氨基酸，找到比例位置，通过氨基酸位置，计算序列跨度，也就是氨基酸的个数x3就是跨越的基因序列长度

然后通过氨基酸密码子表，再核对check ，是否正确就行

费时
赞一下 回复此楼
2楼2020-04-26 15:52:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jing182

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 博士苑 at 2020-04-26 15:52:34
这个就比对比较麻烦，不断组合筛选

先把DNA序列通过网页或软件转换成AA氨基酸序列

ctrl + F 比对相同氨基酸，找到比例位置，通过氨基酸位置，计算序列跨度，也就是氨基酸的个数x3就是跨越的基因序列长度

然 ...

谢谢你的建议，我试着找了几个包含这个序列的基因，总算找到了一个能对上的，想请问一下gene bank中的序列会有错吗？为什么同样的东西有的就是对不上呢
赞一下 回复此楼
3楼2020-04-28 02:00:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

博士苑

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by jing182 at 2020-04-28 02:00:53
谢谢你的建议，我试着找了几个包含这个序列的基因，总算找到了一个能对上的，想请问一下gene bank中的序列会有错吗？为什么同样的东西有的就是对不上呢...

genebank的序列不会错，官方数据库给出的序列是可以的

至于序列差异，你可以选用不同的数据库，比如ensembl，多方数据比对查看，确定序列确切性（注意版本）
赞一下 回复此楼
4楼2020-04-28 10:40:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 6 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 材料学硕，求调剂 6+4 糖葫芦888ll 2026-03-22 9/450 2026-03-25 11:19 by greychen00
[考研] 298求调剂 +3 Rong$$$ 2026-03-18 3/150 2026-03-25 10:13 by userper
[考研] B区考研调剂 +4 yqdszhdap－ 2026-03-22 5/250 2026-03-25 08:51 by baoball
[考研] 一志愿武理085500机械专业总分300求调剂 +3 an10101 2026-03-24 7/350 2026-03-25 00:00 by 山鬼0-
[考研] 材料专硕331求调剂 +4 鲜当牛 2026-03-24 4/200 2026-03-24 15:58 by JourneyLucky
[考研] 085404电子信息284分求调剂 +4 13659058978 2026-03-24 4/200 2026-03-24 12:15 by syl20081243
[基金申请] 请教下大家 2026年国家基金申请是双盲审吗？ +3 lishucheng1 2026-03-22 5/250 2026-03-24 08:22 by gltch
[考研] 335求调剂 +4 yuyu宇 2026-03-23 5/250 2026-03-23 23:49 by Txy@872106
[考研] 生物学一志愿985，分数349求调剂 +6 zxts12 2026-03-21 9/450 2026-03-23 18:37 by macy2011
[考研] 298求调剂 +8 上岸6666@ 2026-03-20 8/400 2026-03-23 11:02 by laoshidan
[考研] 333求调剂 +6 87639 2026-03-21 10/500 2026-03-23 10:41 by Iveryant
[考研] 319求调剂 +4 小力气珂珂 2026-03-20 4/200 2026-03-22 15:53 by ColorlessPI
[考研] 一志愿东华大学控制学硕320求调剂 +3 Grand777 2026-03-21 3/150 2026-03-21 19:23 by 简之-
[考研] 266求调剂 +3 哇呼哼呼哼 2026-03-20 3/150 2026-03-21 16:46 by barlinike
[考研] 材料与化工（0856）304求 B区 调剂 +3 邱gl 2026-03-21 3/150 2026-03-21 13:47 by lature00
[考研] 265求调剂 +12 梁梁校校 2026-03-19 14/700 2026-03-21 13:38 by lature00
[考研] 求调剂 +6 Mqqqqqq 2026-03-19 6/300 2026-03-21 08:04 by JourneyLucky
[考研] 一志愿重庆大学085700资源与环境专硕，总分308求调剂 +3 墨墨漠 2026-03-18 3/150 2026-03-21 00:39 by JourneyLucky
[考研] 22408 344分 求调剂 一志愿 华电计算机技术 +4 solanXXX 2026-03-20 4/200 2026-03-20 23:49 by alg094825
[考研] 一志愿武汉理工材料工程专硕调剂 +9 Doleres 2026-03-19 9/450 2026-03-20 22:36 by JourneyLucky
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭