应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 求帮忙找SHARP蛋白的基因片段
51/1返回列表
查看: 822  |  回复: 5
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

jing182

银虫 (初入文坛)

[求助] 求帮忙找SHARP蛋白的基因片段 已有1人参与

求助大神帮忙找下面这篇文章的gene，想要表达SHARP蛋白 （286个氨基酸），已找到包含这个序列的总体基因，但是针对SHARP的基因片段却找不到。
The crystal structure of the Split End protein SHARP adds a new layer of complexity to proteins containing RNA recognition motifs
想要表达的蛋白质序列
FGIKVQNLPVRSTDTSLKDGLFHEFKKFGKVTSVQIHGTSEERYGLVFFRQQEDQEKALTASKGKLFFGMQIEVTAWIGPETESENEFRPLDERIDEFHPKATRTLFIGNLEKTTTYHDLRNIFQRFGEIVDIDIKKVNGVPQYAFLQYCDIASVCKAIKKMDGEYLGNNRLKLGFGKSMPTNCVWLDGLSSNVSDQYLTRHFCRYGPVVKVVFDRLKGMALVLYNEIEYAQAAVKETKGRKIGGNKIKVDFANRESQLAFYHCMEKSGQDIRDFYEMLAERREER
包含此序列的基因
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuc ... ;amp;report=genbank，
非常感谢！
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2020-04-26 12:23:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jing182

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 博士苑 at 2020-04-26 15:52:34
这个就比对比较麻烦，不断组合筛选

先把DNA序列通过网页或软件转换成AA氨基酸序列

ctrl + F 比对相同氨基酸，找到比例位置，通过氨基酸位置，计算序列跨度，也就是氨基酸的个数x3就是跨越的基因序列长度

然 ...

谢谢你的建议，我试着找了几个包含这个序列的基因，总算找到了一个能对上的，想请问一下gene bank中的序列会有错吗？为什么同样的东西有的就是对不上呢
赞一下 回复此楼
3楼2020-04-28 02:00:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 6 个回答

博士苑

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jing182: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢 2020-04-28 01:57:56
这个就比对比较麻烦，不断组合筛选

先把DNA序列通过网页或软件转换成AA氨基酸序列

ctrl + F 比对相同氨基酸，找到比例位置，通过氨基酸位置，计算序列跨度，也就是氨基酸的个数x3就是跨越的基因序列长度

然后通过氨基酸密码子表，再核对check ，是否正确就行

费时
赞一下 回复此楼
2楼2020-04-26 15:52:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

博士苑

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by jing182 at 2020-04-28 02:00:53
谢谢你的建议，我试着找了几个包含这个序列的基因，总算找到了一个能对上的，想请问一下gene bank中的序列会有错吗？为什么同样的东西有的就是对不上呢...

genebank的序列不会错，官方数据库给出的序列是可以的

至于序列差异，你可以选用不同的数据库，比如ensembl，多方数据比对查看，确定序列确切性（注意版本）
赞一下 回复此楼
4楼2020-04-28 10:40:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

博士苑

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by jing182 at 2020-04-28 02:00:53
谢谢你的建议，我试着找了几个包含这个序列的基因，总算找到了一个能对上的，想请问一下gene bank中的序列会有错吗？为什么同样的东西有的就是对不上呢...

genebank的序列不会错，官方数据库给出的序列是可以的

至于序列差异，你可以选用不同的数据库，比如ensembl，多方数据比对查看，确定序列确切性（注意版本）
赞一下 回复此楼
5楼2020-04-28 10:40:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 6 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 312求调剂 +3 上岸吧ZJY 2026-03-22 5/250 2026-03-25 14:50 by 雾散后相遇lc
[考研] 271求调剂 +4 生如夏花… 2026-03-22 4/200 2026-03-25 11:25 by userper
[考研] 一志愿 西北大学 ，070300化学学硕，总分287，双非一本，求调剂。 +4 晨昏线与星海 2026-03-20 4/200 2026-03-25 10:16 by allen-yin
[考研] 289求调剂 +10 硕星赴 2026-03-23 10/500 2026-03-25 10:11 by userper
[考研] 求调剂，一志愿:南京航空航天大学大学 ，080500材料科学与工程学硕，总分289分 +6 @taotao 2026-03-19 6/300 2026-03-25 08:37 by 木托莫露露
[考研] 生物学学硕求调剂 +7 小羊睡着了? 2026-03-23 10/500 2026-03-25 02:24 by 清风拂扬。 m
[考研] 一志愿武理085500机械专业总分300求调剂 +3 an10101 2026-03-24 7/350 2026-03-25 00:00 by 山鬼0-
[考研] 材料调剂 +6 匹克i 2026-03-23 6/300 2026-03-24 21:09 by greychen00
[有机交流] 有机合成求助 20+3 FENGSHUJEI 2026-03-23 5/250 2026-03-24 19:31 by 88817753
[考研] 080500求调剂 +3 zzzzfan 2026-03-24 3/150 2026-03-24 16:38 by barlinike
[考研] 材料292调剂 +8 橘颂思美人 2026-03-23 8/400 2026-03-24 16:33 by laoshidan
[考研] 一志愿北京化工大学材料与化工 264分各科过A区国家线 +3 哈哈157349 2026-03-21 3/150 2026-03-24 14:11 by zhyzzh
[考研] 一志愿哈工大，085400，320，求调剂 +3 gdlf9999 2026-03-24 3/150 2026-03-24 10:08 by 搏击518
[考研] 336求调剂 +4 收到VS 2026-03-20 4/200 2026-03-23 19:02 by macy2011
[考研] 328求调剂 +4 LHHL66 2026-03-23 4/200 2026-03-23 14:55 by lbsjt
[基金申请] 山东省面上项目限额评审 +4 石瑞0426 2026-03-19 4/200 2026-03-22 08:50 by Wei_ren
[考研] 考研调剂 +3 呼呼？~+123456 2026-03-21 3/150 2026-03-21 20:04 by 无际的草原
[考研] 304求调剂 +7 司空. 2026-03-18 7/350 2026-03-20 23:08 by JourneyLucky
[考研] 考研调剂求学校推荐 +3 伯乐29 2026-03-18 5/250 2026-03-20 22:59 by JourneyLucky
[考研] 一志愿 南京航空航天大学大学 ，080500材料科学与工程学硕 +5 @taotao 2026-03-20 5/250 2026-03-20 20:16 by JourneyLucky
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭