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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 求帮忙找SHARP蛋白的基因片段
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jing182

银虫 (初入文坛)

[求助] 求帮忙找SHARP蛋白的基因片段 已有1人参与

求助大神帮忙找下面这篇文章的gene，想要表达SHARP蛋白 （286个氨基酸），已找到包含这个序列的总体基因，但是针对SHARP的基因片段却找不到。
The crystal structure of the Split End protein SHARP adds a new layer of complexity to proteins containing RNA recognition motifs
想要表达的蛋白质序列
FGIKVQNLPVRSTDTSLKDGLFHEFKKFGKVTSVQIHGTSEERYGLVFFRQQEDQEKALTASKGKLFFGMQIEVTAWIGPETESENEFRPLDERIDEFHPKATRTLFIGNLEKTTTYHDLRNIFQRFGEIVDIDIKKVNGVPQYAFLQYCDIASVCKAIKKMDGEYLGNNRLKLGFGKSMPTNCVWLDGLSSNVSDQYLTRHFCRYGPVVKVVFDRLKGMALVLYNEIEYAQAAVKETKGRKIGGNKIKVDFANRESQLAFYHCMEKSGQDIRDFYEMLAERREER
包含此序列的基因
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuc ... ;amp;report=genbank，
非常感谢！
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1楼 2020-04-26 12:23:40
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jing182

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 博士苑 at 2020-04-26 15:52:34
这个就比对比较麻烦，不断组合筛选

先把DNA序列通过网页或软件转换成AA氨基酸序列

ctrl + F 比对相同氨基酸，找到比例位置，通过氨基酸位置，计算序列跨度，也就是氨基酸的个数x3就是跨越的基因序列长度

然 ...

谢谢你的建议，我试着找了几个包含这个序列的基因，总算找到了一个能对上的，想请问一下gene bank中的序列会有错吗？为什么同样的东西有的就是对不上呢
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3楼2020-04-28 02:00:53
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博士苑

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jing182: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢 2020-04-28 01:57:56
这个就比对比较麻烦，不断组合筛选

先把DNA序列通过网页或软件转换成AA氨基酸序列

ctrl + F 比对相同氨基酸，找到比例位置，通过氨基酸位置，计算序列跨度，也就是氨基酸的个数x3就是跨越的基因序列长度

然后通过氨基酸密码子表，再核对check ，是否正确就行

费时
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2楼2020-04-26 15:52:34
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博士苑

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by jing182 at 2020-04-28 02:00:53
谢谢你的建议，我试着找了几个包含这个序列的基因，总算找到了一个能对上的，想请问一下gene bank中的序列会有错吗？为什么同样的东西有的就是对不上呢...

genebank的序列不会错，官方数据库给出的序列是可以的

至于序列差异，你可以选用不同的数据库，比如ensembl，多方数据比对查看，确定序列确切性（注意版本）
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4楼2020-04-28 10:40:42
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博士苑

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by jing182 at 2020-04-28 02:00:53
谢谢你的建议，我试着找了几个包含这个序列的基因，总算找到了一个能对上的，想请问一下gene bank中的序列会有错吗？为什么同样的东西有的就是对不上呢...

genebank的序列不会错，官方数据库给出的序列是可以的

至于序列差异，你可以选用不同的数据库，比如ensembl，多方数据比对查看，确定序列确切性（注意版本）
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5楼2020-04-28 10:40:48
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