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jing182

银虫 (初入文坛)

[求助] 求帮忙找SHARP蛋白的基因片段已有1人参与

求助大神帮忙找下面这篇文章的gene,想要表达SHARP蛋白 (286个氨基酸),已找到包含这个序列的总体基因,但是针对SHARP的基因片段却找不到。
The crystal structure of the Split End protein SHARP adds a new layer of complexity to proteins containing RNA recognition motifs
想要表达的蛋白质序列
FGIKVQNLPVRSTDTSLKDGLFHEFKKFGKVTSVQIHGTSEERYGLVFFRQQEDQEKALTASKGKLFFGMQIEVTAWIGPETESENEFRPLDERIDEFHPKATRTLFIGNLEKTTTYHDLRNIFQRFGEIVDIDIKKVNGVPQYAFLQYCDIASVCKAIKKMDGEYLGNNRLKLGFGKSMPTNCVWLDGLSSNVSDQYLTRHFCRYGPVVKVVFDRLKGMALVLYNEIEYAQAAVKETKGRKIGGNKIKVDFANRESQLAFYHCMEKSGQDIRDFYEMLAERREER
包含此序列的基因
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuc ... ;amp;report=genbank
非常感谢!
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博士苑

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
jing182: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢 2020-04-28 01:57:56
这个就比对比较麻烦,不断组合筛选

先把DNA序列通过网页或软件转换成AA氨基酸序列

ctrl + F 比对相同氨基酸,找到比例位置,通过氨基酸位置,计算序列跨度,也就是氨基酸的个数x3就是跨越的基因序列长度

然后通过氨基酸密码子表,再核对check ,是否正确就行

费时
2楼2020-04-26 15:52:34
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jing182

银虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 博士苑 at 2020-04-26 15:52:34
这个就比对比较麻烦,不断组合筛选

先把DNA序列通过网页或软件转换成AA氨基酸序列

ctrl + F 比对相同氨基酸,找到比例位置,通过氨基酸位置,计算序列跨度,也就是氨基酸的个数x3就是跨越的基因序列长度

然 ...

谢谢你的建议,我试着找了几个包含这个序列的基因,总算找到了一个能对上的,想请问一下gene bank中的序列会有错吗?为什么同样的东西有的就是对不上呢
3楼2020-04-28 02:00:53
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博士苑

新虫 (初入文坛)

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3楼: Originally posted by jing182 at 2020-04-28 02:00:53
谢谢你的建议,我试着找了几个包含这个序列的基因,总算找到了一个能对上的,想请问一下gene bank中的序列会有错吗?为什么同样的东西有的就是对不上呢...

genebank的序列不会错,官方数据库给出的序列是可以的

至于序列差异,你可以选用不同的数据库,比如ensembl,多方数据比对查看,确定序列确切性(注意版本)
4楼2020-04-28 10:40:42
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博士苑

新虫 (初入文坛)

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3楼: Originally posted by jing182 at 2020-04-28 02:00:53
谢谢你的建议,我试着找了几个包含这个序列的基因,总算找到了一个能对上的,想请问一下gene bank中的序列会有错吗?为什么同样的东西有的就是对不上呢...

genebank的序列不会错,官方数据库给出的序列是可以的

至于序列差异,你可以选用不同的数据库,比如ensembl,多方数据比对查看,确定序列确切性(注意版本)
5楼2020-04-28 10:40:48
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博士苑

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by jing182 at 2020-04-28 02:00:53
谢谢你的建议,我试着找了几个包含这个序列的基因,总算找到了一个能对上的,想请问一下gene bank中的序列会有错吗?为什么同样的东西有的就是对不上呢...

genebank的序列不会错,官方数据库给出的序列是可以的

至于序列差异,你可以选用不同的数据库,比如ensembl,多方数据比对查看,确定序列确切性(注意版本)
6楼2020-04-28 10:40:44
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