应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 求帮忙找SHARP蛋白的基因片段
61/1返回列表
查看: 899  |  回复: 5
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

jing182

银虫 (初入文坛)

[求助] 求帮忙找SHARP蛋白的基因片段 已有1人参与

求助大神帮忙找下面这篇文章的gene，想要表达SHARP蛋白 （286个氨基酸），已找到包含这个序列的总体基因，但是针对SHARP的基因片段却找不到。
The crystal structure of the Split End protein SHARP adds a new layer of complexity to proteins containing RNA recognition motifs
想要表达的蛋白质序列
FGIKVQNLPVRSTDTSLKDGLFHEFKKFGKVTSVQIHGTSEERYGLVFFRQQEDQEKALTASKGKLFFGMQIEVTAWIGPETESENEFRPLDERIDEFHPKATRTLFIGNLEKTTTYHDLRNIFQRFGEIVDIDIKKVNGVPQYAFLQYCDIASVCKAIKKMDGEYLGNNRLKLGFGKSMPTNCVWLDGLSSNVSDQYLTRHFCRYGPVVKVVFDRLKGMALVLYNEIEYAQAAVKETKGRKIGGNKIKVDFANRESQLAFYHCMEKSGQDIRDFYEMLAERREER
包含此序列的基因
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuc ... ;amp;report=genbank，
非常感谢！
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2020-04-26 12:23:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

博士苑

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jing182: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢 2020-04-28 01:57:56
这个就比对比较麻烦，不断组合筛选

先把DNA序列通过网页或软件转换成AA氨基酸序列

ctrl + F 比对相同氨基酸，找到比例位置，通过氨基酸位置，计算序列跨度，也就是氨基酸的个数x3就是跨越的基因序列长度

然后通过氨基酸密码子表，再核对check ，是否正确就行

费时
赞一下 回复此楼
2楼2020-04-26 15:52:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jing182

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 博士苑 at 2020-04-26 15:52:34
这个就比对比较麻烦，不断组合筛选

先把DNA序列通过网页或软件转换成AA氨基酸序列

ctrl + F 比对相同氨基酸，找到比例位置，通过氨基酸位置，计算序列跨度，也就是氨基酸的个数x3就是跨越的基因序列长度

然 ...

谢谢你的建议，我试着找了几个包含这个序列的基因，总算找到了一个能对上的，想请问一下gene bank中的序列会有错吗？为什么同样的东西有的就是对不上呢
赞一下 回复此楼
3楼2020-04-28 02:00:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

博士苑

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by jing182 at 2020-04-28 02:00:53
谢谢你的建议，我试着找了几个包含这个序列的基因，总算找到了一个能对上的，想请问一下gene bank中的序列会有错吗？为什么同样的东西有的就是对不上呢...

genebank的序列不会错，官方数据库给出的序列是可以的

至于序列差异，你可以选用不同的数据库，比如ensembl，多方数据比对查看，确定序列确切性（注意版本）
赞一下 回复此楼
4楼2020-04-28 10:40:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

博士苑

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by jing182 at 2020-04-28 02:00:53
谢谢你的建议，我试着找了几个包含这个序列的基因，总算找到了一个能对上的，想请问一下gene bank中的序列会有错吗？为什么同样的东西有的就是对不上呢...

genebank的序列不会错，官方数据库给出的序列是可以的

至于序列差异，你可以选用不同的数据库，比如ensembl，多方数据比对查看，确定序列确切性（注意版本）
赞一下 回复此楼
5楼2020-04-28 10:40:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

博士苑

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by jing182 at 2020-04-28 02:00:53
谢谢你的建议，我试着找了几个包含这个序列的基因，总算找到了一个能对上的，想请问一下gene bank中的序列会有错吗？为什么同样的东西有的就是对不上呢...

genebank的序列不会错，官方数据库给出的序列是可以的

至于序列差异，你可以选用不同的数据库，比如ensembl，多方数据比对查看，确定序列确切性（注意版本）
赞一下 回复此楼
6楼2020-04-28 10:40:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 jing182 的主题更新
61/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 关于filecode，很负责任的告诉大家 +6 爱看书的可乐 2026-08-08 7/350 2026-08-08 22:13 by a_niu
[基金申请] 2026国自然放榜时间 +3 布布和一二 2026-08-08 3/150 2026-08-08 18:15 by Lightingo
[公派出国] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 qTvzQBRAHjCi 2026-08-07 4/200 2026-08-08 17:27 by oEVWOejN9taj
[基金申请] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 qTvzQBRAHjCi 2026-08-07 4/200 2026-08-08 17:22 by oEVWOejN9taj
[基金申请] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 qTvzQBRAHjCi 2026-08-07 5/250 2026-08-08 17:02 by oEVWOejN9taj
[考博] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 Vi50GxzrFcSG 2026-08-07 4/200 2026-08-08 16:22 by oEVWOejN9taj
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 WQyTGMbfH7Cx 2026-08-07 4/200 2026-08-08 15:02 by oEVWOejN9taj
[基金申请] 这样的filecode谁见过 +5 布布和一二 2026-08-08 8/400 2026-08-08 14:54 by archvillain
[公派出国] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 HEQlVqMTIA7d 2026-08-07 6/300 2026-08-08 14:39 by oEVWOejN9taj
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +4 HEQlVqMTIA7d 2026-08-07 5/250 2026-08-08 14:27 by oEVWOejN9taj
[基金申请] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 HEQlVqMTIA7d 2026-08-07 4/200 2026-08-08 14:27 by oEVWOejN9taj
[硕博家园] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 Vi50GxzrFcSG 2026-08-07 6/300 2026-08-08 10:19 by 3OOjAIS77qg2
[考博] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 HEQlVqMTIA7d 2026-08-07 3/150 2026-08-08 03:47 by 6vVgjDL4CnGu
[基金申请] 关于filecode +4 布布和一二 2026-08-07 7/350 2026-08-07 22:55 by zhanghaozhu
[基金申请] 娱乐 +6 Tide man 2026-08-03 6/300 2026-08-07 22:40 by 铁帽子农民
[基金申请] 化学口download_prp&fileCode的固定段好像这几天一直没变，有变的大神么？ +3 Tide man 2026-08-07 4/200 2026-08-07 22:39 by Tide man
[基金申请] filecode与中标关系的预测 +3 布布和一二 2026-08-07 3/150 2026-08-07 15:09 by gltch
[基金申请] 求各位大神看下 100+6 hpkpkpkp 2026-08-05 33/1650 2026-08-06 14:49 by zhiyanjiang
[基金申请] 纯娱乐，不喜欢勿喷 +7 Tide man 2026-08-04 10/500 2026-08-04 15:10 by loufangrui
[基金申请] 面上提前没消息，有中的吗 +14 archvillain 2026-08-02 18/900 2026-08-04 14:42 by archvillain
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭