应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 求帮忙找SHARP蛋白的基因片段
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
61/1返回列表
查看: 827  |  回复: 5
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

jing182

银虫 (初入文坛)

[求助] 求帮忙找SHARP蛋白的基因片段 已有1人参与

求助大神帮忙找下面这篇文章的gene，想要表达SHARP蛋白 （286个氨基酸），已找到包含这个序列的总体基因，但是针对SHARP的基因片段却找不到。
The crystal structure of the Split End protein SHARP adds a new layer of complexity to proteins containing RNA recognition motifs
想要表达的蛋白质序列
FGIKVQNLPVRSTDTSLKDGLFHEFKKFGKVTSVQIHGTSEERYGLVFFRQQEDQEKALTASKGKLFFGMQIEVTAWIGPETESENEFRPLDERIDEFHPKATRTLFIGNLEKTTTYHDLRNIFQRFGEIVDIDIKKVNGVPQYAFLQYCDIASVCKAIKKMDGEYLGNNRLKLGFGKSMPTNCVWLDGLSSNVSDQYLTRHFCRYGPVVKVVFDRLKGMALVLYNEIEYAQAAVKETKGRKIGGNKIKVDFANRESQLAFYHCMEKSGQDIRDFYEMLAERREER
包含此序列的基因
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuc ... ;amp;report=genbank，
非常感谢！
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2020-04-26 12:23:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

博士苑

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jing182: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢 2020-04-28 01:57:56
这个就比对比较麻烦，不断组合筛选

先把DNA序列通过网页或软件转换成AA氨基酸序列

ctrl + F 比对相同氨基酸，找到比例位置，通过氨基酸位置，计算序列跨度，也就是氨基酸的个数x3就是跨越的基因序列长度

然后通过氨基酸密码子表，再核对check ，是否正确就行

费时
赞一下 回复此楼
2楼2020-04-26 15:52:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jing182

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 博士苑 at 2020-04-26 15:52:34
这个就比对比较麻烦，不断组合筛选

先把DNA序列通过网页或软件转换成AA氨基酸序列

ctrl + F 比对相同氨基酸，找到比例位置，通过氨基酸位置，计算序列跨度，也就是氨基酸的个数x3就是跨越的基因序列长度

然 ...

谢谢你的建议，我试着找了几个包含这个序列的基因，总算找到了一个能对上的，想请问一下gene bank中的序列会有错吗？为什么同样的东西有的就是对不上呢
赞一下 回复此楼
3楼2020-04-28 02:00:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

博士苑

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by jing182 at 2020-04-28 02:00:53
谢谢你的建议，我试着找了几个包含这个序列的基因，总算找到了一个能对上的，想请问一下gene bank中的序列会有错吗？为什么同样的东西有的就是对不上呢...

genebank的序列不会错，官方数据库给出的序列是可以的

至于序列差异，你可以选用不同的数据库，比如ensembl，多方数据比对查看，确定序列确切性（注意版本）
赞一下 回复此楼
4楼2020-04-28 10:40:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

博士苑

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by jing182 at 2020-04-28 02:00:53
谢谢你的建议，我试着找了几个包含这个序列的基因，总算找到了一个能对上的，想请问一下gene bank中的序列会有错吗？为什么同样的东西有的就是对不上呢...

genebank的序列不会错，官方数据库给出的序列是可以的

至于序列差异，你可以选用不同的数据库，比如ensembl，多方数据比对查看，确定序列确切性（注意版本）
赞一下 回复此楼
5楼2020-04-28 10:40:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

博士苑

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by jing182 at 2020-04-28 02:00:53
谢谢你的建议，我试着找了几个包含这个序列的基因，总算找到了一个能对上的，想请问一下gene bank中的序列会有错吗？为什么同样的东西有的就是对不上呢...

genebank的序列不会错，官方数据库给出的序列是可以的

至于序列差异，你可以选用不同的数据库，比如ensembl，多方数据比对查看，确定序列确切性（注意版本）
赞一下 回复此楼
6楼2020-04-28 10:40:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 jing182 的主题更新
61/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 复试调剂，一志愿南农083200食品科学与工程 +4 XQTJZ 2026-03-26 4/200 2026-03-27 01:23 by dgnhs
[考研] 305求调剂 +4 哇卢卡库 2026-03-26 4/200 2026-03-26 20:58 by sanrepian
[考研] 324求调剂 +4 wysyjs25 2026-03-21 4/200 2026-03-26 20:38 by fmesaito
[考研] 生物学 296 求调剂 +4 朵朵- 2026-03-26 6/300 2026-03-26 19:01 by 不吃魚的貓
[考研] 材料与化工考研调剂 +10 孅華 2026-03-22 10/500 2026-03-26 15:40 by zzll406
[考研] 环境专硕324分求调剂推荐 +5 轩小宁—— 2026-03-26 5/250 2026-03-26 12:05 by i_cooler
[考研] 材料专硕 335 分求调剂 +4 拒绝冷暴力 2026-03-25 4/200 2026-03-25 18:45 by haxia
[考研] 311求调剂 +3 冬十三 2026-03-24 3/150 2026-03-24 21:31 by peike
[考研] 0703化学调剂，求导师收 +7 天天好运来上岸� 2026-03-24 7/350 2026-03-24 20:26 by peike
[考研] 求调剂 +5 林之夕 2026-03-24 5/250 2026-03-24 17:16 by dick_runner
[考研] 求调剂 +6 研研，接电话 2026-03-24 7/350 2026-03-24 17:01 by barlinike
[基金申请] 请教下大家 2026年国家基金申请是双盲审吗？ +3 lishucheng1 2026-03-22 5/250 2026-03-24 08:22 by gltch
[考研] 269求调剂 +4 我想读研11 2026-03-23 4/200 2026-03-23 21:25 by pswait
[考研] 276求调剂 +3 YNRYG 2026-03-21 4/200 2026-03-23 08:31 by 醉在风里
[考研] 303求调剂 +5 安忆灵 2026-03-22 6/300 2026-03-22 12:46 by 素颜倾城1988
[考研] 初试 317 +7 半拉月丙 2026-03-20 7/350 2026-03-21 22:26 by peike
[考研] 一志愿深大，0703化学，总分302，求调剂 +4 七月-七七 2026-03-21 4/200 2026-03-21 18:20 by 学员8dgXkO
[考研] 材料 271求调剂 +5 展信悦_ 2026-03-21 5/250 2026-03-21 17:29 by 学员8dgXkO
[考研] 南昌大学材料专硕311分求调剂 +6 77chaselx 2026-03-20 6/300 2026-03-21 07:24 by JourneyLucky
[考研] 一志愿 南京航空航天大学大学 ，080500材料科学与工程学硕 +5 @taotao 2026-03-20 5/250 2026-03-20 20:16 by JourneyLucky
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭