应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » 理论与计算方法 » 配体处理方法
51/1返回列表
查看: 805  |  回复: 5
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

small28

新虫 (著名写手)

[交流] 配体处理方法 已有1人参与

请问一下，如果做auto dock vina对接，配体该如何处理，看到有文献用DS软件直接prepare处理，也有在ADT里加氢，加电荷，设置旋转键的，两种方法都分别试过，打分不一样，如果配体是短肽，自己画的，该用哪种比较靠谱呢，如果用DS，就是加了力场，而ADT里处理没有加力场的吧

发自小木虫Android客户端
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2020-03-06 20:48:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

small28

新虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by mgfudan at 2020-03-08 23:27:15
我觉得还是需要寻找配体的能量最优化构象，才能开始模拟最佳结果。...

好的，谢谢您的解答，但是我用vina对接时配体优化能量时反而没有不优化时的打分好，请问这是为什么呢

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
5楼2020-03-10 15:07:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 6 个回答

mgfudan

铁杆木虫 (著名写手)

mgfudan
结构能量优化

发自小木虫Android客户端
回复此楼
mgfudan
2楼2020-03-08 00:58:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

small28

新虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by mgfudan at 2020-03-08 00:58:27
结构能量优化

但是看了一些教程，没有进行能量优化，只对小分子加电荷和设置键的旋转，这样会对结果有影响么

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
3楼2020-03-08 11:05:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mgfudan

铁杆木虫 (著名写手)

mgfudan
引用回帖:
3楼: Originally posted by small28 at 2020-03-08 11:05:22
但是看了一些教程，没有进行能量优化，只对小分子加电荷和设置键的旋转，这样会对结果有影响么
...

我觉得还是需要寻找配体的能量最优化构象，才能开始模拟最佳结果。
赞一下 回复此楼
mgfudan
4楼2020-03-08 23:27:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 6 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 一志愿华中农业大学071010，总分三百二,求调剂 +3 困困困困坤坤 2026-03-07 3/150 2026-03-14 10:09 by 学员8dgXkO
[考研] 0703化学调剂，求各位老师收留 +5 秋有木北 2026-03-14 5/250 2026-03-14 09:50 by 30660438
[考研] 085701环境工程319分,本科985，求调剂 +3 liuziqi_0622 2026-03-07 3/150 2026-03-14 05:31 by JourneyLucky
[考研] 085701环境工程专硕求调剂 +9 幼稚园大班打手 2026-03-08 9/450 2026-03-14 04:17 by JourneyLucky
[考研] 081700一志愿211 276 四级已过 求调剂 +3 地球绕着太阳转 2026-03-08 4/200 2026-03-14 03:44 by JourneyLucky
[考研] 085600材料与化工 326 求调剂 +5 热爱生活ing 2026-03-09 5/250 2026-03-14 02:39 by JourneyLucky
[考研] 301求调剂 +3 归零lbm 2026-03-09 3/150 2026-03-14 02:20 by JourneyLucky
[考研] 265求调剂 +9 小木虫085600 2026-03-09 12/600 2026-03-14 01:11 by JourneyLucky
[考研] 一志愿华中农业大学071010，总分三百二,求调剂 +3 困困困困坤坤 2026-03-10 3/150 2026-03-14 00:35 by JourneyLucky
[考研] 332求调剂 +3 Zz版 2026-03-13 3/150 2026-03-13 20:36 by 18595523086
[考研] 310求调剂 +3 【上上签】 2026-03-11 3/150 2026-03-13 16:16 by JourneyLucky
[考研] 328求调剂 +3 5201314Lsy！ 2026-03-13 5/250 2026-03-13 16:05 by 5201314Lsy！
[考研] 土木第一志愿276求调剂，科研和技能十分丰富，求新兴方向的导师收留 +3 土木小天才 2026-03-12 3/150 2026-03-13 15:01 by JourneyLucky
[考研] 材料专硕274一志愿陕西师范大学求调剂 +4 薛云鹏 2026-03-13 4/200 2026-03-13 10:40 by 学员8dgXkO
[考研] 工科0856专硕化学工程269能调剂吗 +10 我想读研11 2026-03-10 10/500 2026-03-13 10:14 by Yuyi.
[考博] 2026年博士申请 +3 QwQwQW10 2026-03-11 3/150 2026-03-12 17:58 by gxch43
[考研] 0817化学工程319求调剂 +8 lv945 2026-03-08 10/500 2026-03-12 05:26 by wll0811
[考研] 0857 资源与环境 285分 +6 未名考生 2026-03-09 6/300 2026-03-11 21:08 by 30660438
[考研] 081200计算机科学与技术数一英一306求调剂 +3 intankt 2026-03-08 3/150 2026-03-11 10:50 by dandan413
[考研] 调剂 +3 13853210211 2026-03-08 3/150 2026-03-08 19:34 by ms629
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭