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small28

新虫 (著名写手)

[交流] 配体处理方法 已有1人参与

请问一下,如果做auto dock vina对接,配体该如何处理,看到有文献用DS软件直接prepare处理,也有在ADT里加氢,加电荷,设置旋转键的,两种方法都分别试过,打分不一样,如果配体是短肽,自己画的,该用哪种比较靠谱呢,如果用DS,就是加了力场,而ADT里处理没有加力场的吧

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mgfudan

铁杆木虫 (著名写手)

mgfudan

mgfudan
2楼2020-03-08 00:58:27
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small28

新虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by mgfudan at 2020-03-08 00:58:27
结构能量优化

但是看了一些教程,没有进行能量优化,只对小分子加电荷和设置键的旋转,这样会对结果有影响么

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3楼2020-03-08 11:05:22
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mgfudan

铁杆木虫 (著名写手)

mgfudan

引用回帖:
3楼: Originally posted by small28 at 2020-03-08 11:05:22
但是看了一些教程,没有进行能量优化,只对小分子加电荷和设置键的旋转,这样会对结果有影响么
...

我觉得还是需要寻找配体的能量最优化构象,才能开始模拟最佳结果。
mgfudan
4楼2020-03-08 23:27:15
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small28

新虫 (著名写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by mgfudan at 2020-03-08 23:27:15
我觉得还是需要寻找配体的能量最优化构象,才能开始模拟最佳结果。...

好的,谢谢您的解答,但是我用vina对接时配体优化能量时反而没有不优化时的打分好,请问这是为什么呢

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5楼2020-03-10 15:07:15
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mgfudan

铁杆木虫 (著名写手)

mgfudan


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
有可能是存在别的机制

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mgfudan
6楼2020-03-11 00:25:48
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