应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » 理论与计算方法 » 配体处理方法
61/1返回列表
查看: 799  |  回复: 5
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

small28

新虫 (著名写手)

[交流] 配体处理方法 已有1人参与

请问一下，如果做auto dock vina对接，配体该如何处理，看到有文献用DS软件直接prepare处理，也有在ADT里加氢，加电荷，设置旋转键的，两种方法都分别试过，打分不一样，如果配体是短肽，自己画的，该用哪种比较靠谱呢，如果用DS，就是加了力场，而ADT里处理没有加力场的吧

发自小木虫Android客户端
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2020-03-06 20:48:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mgfudan

铁杆木虫 (著名写手)

mgfudan
结构能量优化

发自小木虫Android客户端
回复此楼
mgfudan
2楼2020-03-08 00:58:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

small28

新虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by mgfudan at 2020-03-08 00:58:27
结构能量优化

但是看了一些教程，没有进行能量优化，只对小分子加电荷和设置键的旋转，这样会对结果有影响么

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
3楼2020-03-08 11:05:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mgfudan

铁杆木虫 (著名写手)

mgfudan
引用回帖:
3楼: Originally posted by small28 at 2020-03-08 11:05:22
但是看了一些教程，没有进行能量优化，只对小分子加电荷和设置键的旋转，这样会对结果有影响么
...

我觉得还是需要寻找配体的能量最优化构象，才能开始模拟最佳结果。
赞一下 回复此楼
mgfudan
4楼2020-03-08 23:27:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

small28

新虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by mgfudan at 2020-03-08 23:27:15
我觉得还是需要寻找配体的能量最优化构象，才能开始模拟最佳结果。...

好的，谢谢您的解答，但是我用vina对接时配体优化能量时反而没有不优化时的打分好，请问这是为什么呢

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
5楼2020-03-10 15:07:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mgfudan

铁杆木虫 (著名写手)

mgfudan
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
有可能是存在别的机制

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
mgfudan
6楼2020-03-11 00:25:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 small28 的主题更新
61/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 085701环境工程317分求调剂 +10 6汆尼9 2026-03-07 10/500 2026-03-14 05:47 by JourneyLucky
[考研] 求调剂 +3 清风问长安 2026-03-09 3/150 2026-03-14 02:15 by JourneyLucky
[考研] 云南财经大学信息学院计算机学硕专硕学位点 +3 zjptai 2026-03-10 5/250 2026-03-14 01:23 by 飞行琦
[考研] 一志愿郑大070303，338分，求调剂 +4 dadawaf 2026-03-10 5/250 2026-03-14 01:20 by lsw010101
[考研] 0703化学调剂 +4 快乐的香蕉 2026-03-11 4/200 2026-03-13 22:41 by JourneyLucky
[考研] 一志愿中科院，化学方向，295求调剂 +4 一氧二氮 2026-03-11 4/200 2026-03-13 22:35 by JourneyLucky
[考研] 308求调剂 +5 是Lupa啊 2026-03-11 5/250 2026-03-13 22:13 by JourneyLucky
[考研] 26调剂/材料/英一数二/总分289/已过A区线 +6 步川酷紫123 2026-03-13 6/300 2026-03-13 21:59 by 星空星月
[考研] 315求调剂 +9 小羊小羊_ 2026-03-11 10/500 2026-03-13 21:13 by SXNU李老师
[考研] 材料与化工085600调剂求老师收留 +9 jiaanl 2026-03-11 9/450 2026-03-13 20:22 by JourneyLucky
[考研] 301求调剂 +6 Liyouyumairs 2026-03-11 6/300 2026-03-13 20:11 by JourneyLucky
[考研] 材料工程调剂 +4 咪咪空空 2026-03-11 4/200 2026-03-13 19:57 by JourneyLucky
[考研] 293求调剂 +3 世界首富 2026-03-11 3/150 2026-03-13 16:27 by JourneyLucky
[论文投稿] 投稿问题 5+4 星光灿烂xt 2026-03-12 6/300 2026-03-13 14:17 by god_tian
[考研] 0817化学工程319求调剂 +8 lv945 2026-03-08 10/500 2026-03-12 05:26 by wll0811
[考研] 083000环境科学与工程调剂 +8 mingmingry 2026-03-09 9/450 2026-03-11 10:23 by 沙漠之狐994
[考研] 334求调剂 +5 Trying] 2026-03-07 5/250 2026-03-09 14:47 by ruiyingmiao
[考研] 一志愿武理314求调剂 +4 （￣～￣;） 2026-03-08 5/250 2026-03-08 23:12 by L135790
[考博] 26年博士申请 +4 科研狗111 2026-03-07 4/200 2026-03-08 21:56 by 0611517sll
[考研] 材料科学（0805）338 求调剂 +7 xiaokang3286 2026-03-07 7/350 2026-03-08 03:42 by lfhuang
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭