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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » 理论与计算方法 » 配体处理方法
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small28

新虫 (著名写手)

[交流] 配体处理方法 已有1人参与

请问一下，如果做auto dock vina对接，配体该如何处理，看到有文献用DS软件直接prepare处理，也有在ADT里加氢，加电荷，设置旋转键的，两种方法都分别试过，打分不一样，如果配体是短肽，自己画的，该用哪种比较靠谱呢，如果用DS，就是加了力场，而ADT里处理没有加力场的吧

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1楼 2020-03-06 20:48:26
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mgfudan

铁杆木虫 (著名写手)

mgfudan
引用回帖:
3楼: Originally posted by small28 at 2020-03-08 11:05:22
但是看了一些教程，没有进行能量优化，只对小分子加电荷和设置键的旋转，这样会对结果有影响么
...

我觉得还是需要寻找配体的能量最优化构象，才能开始模拟最佳结果。
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mgfudan
4楼2020-03-08 23:27:15
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mgfudan

铁杆木虫 (著名写手)

mgfudan
结构能量优化

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mgfudan
2楼2020-03-08 00:58:27
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small28

新虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by mgfudan at 2020-03-08 00:58:27
结构能量优化

但是看了一些教程，没有进行能量优化，只对小分子加电荷和设置键的旋转，这样会对结果有影响么

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3楼2020-03-08 11:05:22
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small28

新虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by mgfudan at 2020-03-08 23:27:15
我觉得还是需要寻找配体的能量最优化构象，才能开始模拟最佳结果。...

好的，谢谢您的解答，但是我用vina对接时配体优化能量时反而没有不优化时的打分好，请问这是为什么呢

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5楼2020-03-10 15:07:15
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