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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 其他 » 【求助】【求助】关于分子碎片生长
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
★ ★ ★ ★
wuhanhgf2002(金币+2,VIP+0): 7-6 23:17
yuhuobuku(金币+2,VIP+0):欢迎参加讨论 7-7 14:02
北大的LigBuilder，Sybyl、MOE、Discovery的组合化学模块，都可以做这个。
其实，自己编写个小程序，也可以。
主要问题是接好以后，来自两个分子的原子，坐标位置一般需要调整，否则不好看。
这个，也可通过Babel （2.2版本）来解决：
babel -imol2 myold.mol2 -omol2 mynew.mol2 --gen3d
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11楼2009-07-05 00:30:37
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yelverxm

金虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
wuhanhgf2002(金币+2,VIP+0): 7-6 23:17
yuhuobuku(金币+2,VIP+0):欢迎参加讨论 7-7 14:02
如果你不需要保存你的母分子和碎片的三维结构的话，选择之一可以是RDKit：
http://rdkit.org/

相关示例代码 （详情你可以自己看document）:
>>> repl = Chem.MolFromSmiles('OC')
>>> patt = Chem.MolFromSmarts('[$(NC(=O))]')
>>> m = Chem.MolFromSmiles('CC(=O)N')
>>> rms = AllChem.ReplaceSubstructs(m,patt,repl)
>>> rms
(,)
>>> Chem.MolToSmiles(rms[0])
'COC(=O)C'
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In God we trust
12楼2009-07-06 02:57:28
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚

RDkit

★ ★
yuhuobuku(金币+2,VIP+0):欢迎参加讨论 7-7 14:02
这个其实就是用Python语言来完成babel的工作咯。
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13楼2009-07-06 06:45:02
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yelverxm

金虫 (小有名气)
★ ★
yuhuobuku(金币+2,VIP+0):欢迎参加讨论 7-7 14:03
引用回帖:
Originally posted by yalefield at 2009-7-6 06:45:
这个其实就是用Python语言来完成babel的工作咯。

是有很多重叠，只是我现在就是用python的
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In God we trust
14楼2009-07-06 09:16:52
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whitewatercn

银虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
yuhuobuku(金币+2,VIP+0):欢迎参加讨论 7-7 14:03
wuhanhgf2002(金币+2,VIP+0): 7-9 00:50
RDKit不错啊，至少从源代码风格上，似乎比OpenBabel和CDK要爽一些。未深入研究哈。作为搞化学信息学的人来讲，有了一个设计得比较好的Molecule类，你几乎可以实现任何想法。
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15楼2009-07-07 08:43:01
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
★ ★ ★ ★
gwdavid(金币+2,VIP+0): 哈哈，老汉好点子 7-7 20:07
wuhanhgf2002(金币+2,VIP+0): 7-13 08:45
引用回帖:
Originally posted by whitewatercn at 2009-7-7 08:43:
RDKit不错啊，至少从源代码风格上，似乎比OpenBabel和CDK要爽一些。未深入研究哈。作为搞化学信息学的人来讲，有了一个设计得比较好的Molecule类，你几乎可以实现任何想法。

眼馋咯？不如你们几个家伙组织组织，编一个EMuchChem吧。
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16楼2009-07-07 17:11:18
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