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wuhanhgf2002金虫 (正式写手)
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[交流]
【求助】【求助】关于分子碎片生长
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谁能给推荐一款分子碎片生长的程序，最好是linux下的，而且输入文件最好是pdb或mol2. 就是将一个分子碎片固定，然后和若干个碎片连接，新的碎片替代原来碎片上的氢原子，然后生成新的分子。先谢谢啦 |
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yelverxm
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yuhuobuku(金币+2,VIP+0):欢迎参加讨论 7-7 14:02
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如果你不需要保存你的母分子和碎片的三维结构的话，选择之一可以是RDKit： http://rdkit.org/ 相关示例代码 （详情你可以自己看document）: >>> repl = Chem.MolFromSmiles('OC') >>> patt = Chem.MolFromSmarts('[$(NC(=O))]') >>> m = Chem.MolFromSmiles('CC(=O)N') >>> rms = AllChem.ReplaceSubstructs(m,patt,repl) >>> rms ( >>> Chem.MolToSmiles(rms[0]) 'COC(=O)C' |
12楼2009-07-06 02:57:28
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