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wuhanhgf2002

金虫 (正式写手)

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[交流] 【求助】【求助】关于分子碎片生长

谁能给推荐一款分子碎片生长的程序，最好是linux下的，而且输入文件最好是pdb或mol2.
就是将一个分子碎片固定，然后和若干个碎片连接，新的碎片替代原来碎片上的氢原子，然后生成新的分子。先谢谢啦

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1楼2009-06-24 11:07:42

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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚

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★ ★ ★ ★
wuhanhgf2002(金币+2,VIP+0): 7-6 23:17
yuhuobuku(金币+2,VIP+0):欢迎参加讨论 7-7 14:02

北大的LigBuilder，Sybyl、MOE、Discovery的组合化学模块，都可以做这个。
其实，自己编写个小程序，也可以。
主要问题是接好以后，来自两个分子的原子，坐标位置一般需要调整，否则不好看。
这个，也可通过Babel （2.2版本）来解决：
babel -imol2 myold.mol2 -omol2 mynew.mol2 --gen3d