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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 我的酵母基因组酶切问题在哪里？
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gogagaover

新虫 (初入文坛)

[交流] 我的酵母基因组酶切问题在哪里？

我的酵母基因组酶切问题在哪里？
100微升酶切体系，图中分别为：1KB PLUS maker, BamH 1(4微升)，BamH 1(8微升)，Pst 1(3微升)，Pst1(6微升)，对照，对照。

专家们告诉我，我为什么不能把基因组切到1KB到10KB 之间？

求助！！！！
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1楼 2009-06-09 21:36:01
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琉璃湖畔

木虫 (正式写手)
★
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酶切之后不是应该有两条带的吗？是不是酶失效了，没有切动~~
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淡定淡定，须知努力就好
2楼2009-06-09 21:38:45
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香菱儿

铁杆木虫 (著名写手)
★
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根据对照判断，还是切了一些，可能只是发生部分酶切。酶切时间是多久啊？
这个胶的分辨率较低，充分酶切之后，是不是应该跑脉冲呢？（我也没做过，随便说的）
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漫洒英雄泪，相离处士家。谢慈悲剃度在莲台下。没缘法转眼分离乍。赤条条来去无牵挂。那里讨烟蓑雨笠卷单行？一任俺芒鞋破钵随缘化！
3楼2009-06-09 23:16:43
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三磷酸腺苷

铁杆木虫 (职业作家)
★
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完全没切动……酶是不是失效了
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4楼2009-06-09 23:19:19
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dyyyyy

铁杆木虫 (著名写手)
★
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没完全切开，把酶切体系改到20或50微升试试
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5楼2009-06-10 07:30:51
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gogagaover

新虫 (初入文坛)
谢谢楼上。

我的酶切体系是100UL，而且，切过夜。要说酶失效，有个师兄切质粒能切得很好。

我觉得还是酶没有选择好。

我想知道全基因组的电子酶切图谱，请问哪个高手能推荐一个网站？
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6楼2009-06-16 10:09:47
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biogefart

木虫 (著名写手)

切动了

★
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都有smear了，把胶浓度降低看看，或者加大酶量
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闹太套
7楼2009-06-16 11:01:39
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brightfuture01

木虫之王 (文坛精英)

我爱打老虎

文献杰出贡献
★ ★
amisking(金币+2,VIP+0):欢迎发帖交流！ 6-16 20:26
我觉得酶的量已经不少了，BamHI 8ul就80U了，不过真是奇怪了。我有两点建议：

1、下次跑基因组胶的时候跑0.8％的，酶切的最多跑1％的。

2、可以先摸索下酶的用量，具体方法类似于微生物操作中的梯度稀释，酶量和时间

在这里都可以作梯度。
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The world is a fine place and worth fighting for. I agree with the second part.
8楼2009-06-16 18:34:36
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gogagaover

新虫 (初入文坛)
谢谢各位高手。

我还是感觉我选的酶有问题，是不是我没有选到最合适的酶？

请问，如何得到酵母菌的物理图谱？
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9楼2009-06-17 15:23:40
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sammyyao

银虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
看看能不能用Sau3AI切，那个能切的很碎的。另外我觉得可以少切点先试一下，DNA的量啥的都减小试试看。一般我们跑基因组的胶浓度会降低大概跑0.6％的胶，低压过夜。
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10楼2009-06-17 17:24:55
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