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我是考研狗

新虫 (小有名气)

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[交流] amber动力学模拟时，怎么让底物周围氨基酸的侧链位置更准确呢

大家好，请教大家一个关于对酶蛋白进行动力学模拟的问题，amber动力学模拟时，怎么让底物周围氨基酸的侧链位置更准确呢，虽然是参考了野生型的侧链位置，但是突变体的没有晶体结构（只突变了催化口袋内2-3个关键氨基酸），模拟的结果不稳定，前10ns挺稳定的，但是再续跑30ns时，辅因子位置变化会很大，或者底物位置变化会很大，有没有好的方法啊，谢谢。

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1楼 2019-11-14 14:09:41

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pl941

禁虫 (小有名气)

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6楼2020-01-02 09:45:43

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pl994

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7楼2020-01-03 11:13:28

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pl926

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8楼2020-01-04 14:59:03

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pl978

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月只蓝: 金币-200, 屏蔽内容 2020-01-09 21:38:29

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9楼2020-01-07 11:17:31

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pl966

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月只蓝: 金币-200, 屏蔽内容 2020-01-09 21:38:36

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10楼2020-01-09 11:09:38

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