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amber动力学模拟时，怎么让底物周围氨基酸的侧链位置更准确呢
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| 大家好，请教大家一个关于对酶蛋白进行动力学模拟的问题，amber动力学模拟时，怎么让底物周围氨基酸的侧链位置更准确呢，虽然是参考了野生型的侧链位置，但是突变体的没有晶体结构（只突变了催化口袋内2-3个关键氨基酸），模拟的结果不稳定，前10ns挺稳定的，但是再续跑30ns时，辅因子位置变化会很大，或者底物位置变化会很大，有没有好的方法啊，谢谢。 |
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7楼2020-01-03 11:13:28
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10楼2020-01-09 11:09:38
11楼2020-05-19 08:52:33