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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » amber动力学模拟时，怎么让底物周围氨基酸的侧链位置更准确呢
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我是考研狗

新虫 (小有名气)

[交流] amber动力学模拟时，怎么让底物周围氨基酸的侧链位置更准确呢

大家好，请教大家一个关于对酶蛋白进行动力学模拟的问题，amber动力学模拟时，怎么让底物周围氨基酸的侧链位置更准确呢，虽然是参考了野生型的侧链位置，但是突变体的没有晶体结构（只突变了催化口袋内2-3个关键氨基酸），模拟的结果不稳定，前10ns挺稳定的，但是再续跑30ns时，辅因子位置变化会很大，或者底物位置变化会很大，有没有好的方法啊，谢谢。
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1楼 2019-11-14 14:09:41
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pl941

禁虫 (小有名气)
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月只蓝: 金币-200, 屏蔽内容 2020-01-09 21:38:10
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6楼2020-01-02 09:45:43
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pl994

禁虫 (小有名气)
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月只蓝: 金币-200, 屏蔽内容 2020-01-09 21:38:18
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7楼2020-01-03 11:13:28
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pl926

禁虫 (小有名气)
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月只蓝: 金币-200, 屏蔽内容 2020-01-09 21:38:23
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8楼2020-01-04 14:59:03
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pl978

禁虫 (小有名气)
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月只蓝: 金币-200, 屏蔽内容 2020-01-09 21:38:29
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9楼2020-01-07 11:17:31
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pl966

禁虫 (小有名气)
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月只蓝: 金币-200, 屏蔽内容 2020-01-09 21:38:36
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10楼2020-01-09 11:09:38
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冷血孤峰

银虫 (小有名气)
请问楼主，问题解决了吗

发自小木虫IOS客户端
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11楼2020-05-19 08:52:33
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xiaoqiuqiu202楼
2019-11-14 15:16   回复  
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miaojiabing3楼
2019-11-15 16:32   回复  
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tzynew4楼
2019-11-18 21:49   回复  
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psylhh5楼
2019-11-21 00:21   回复  
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