应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 关于DS对接时辅酶的处理
101/1返回列表
查看: 1815  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

tatum

木虫 (正式写手)

[求助] 关于DS对接时辅酶的处理 已有1人参与

请教大家个问题，在使用discovery studio进行对接时，有些酶，例如醇脱氢酶，转氨酶等，带有辅酶NAD或者PLP，在对接的时候，怎么处理的？
例如转氨酶 1M32，pdb中带有PLP辅酶，这个辅酶和配体同时存在于活性口袋，在反应时要参与反应。
但是，我在对接的时候，如果保留PLP，再与其它配体进行对接，只有LiDock可以进行下去，Gold和CDock都会报错，只有删掉PLP之后才能继续进行对接，但删掉PLP的对接结果可能与实际情况差别很大。
请问大家是怎么做的，是不是我操作有误？
回复此楼

» 猜你喜欢
无个性，不签名。
1楼 2019-11-05 14:24:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

biogefart

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

当然要保留辅酶了，为什么一定要用几个方法都docking成功呢，分析结果往下走就行了
赞一下(1人) 回复此楼
闹太套
2楼2019-11-12 12:05:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pl927

禁虫 (小有名气)
本帖内容被屏蔽
3楼2020-01-02 11:18:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pl980

禁虫 (小有名气)
本帖内容被屏蔽
4楼2020-01-03 14:27:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tatum

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by pl980 at 2020-01-03 14:27:08
支持一下吧~~~~~~~~~~~~~~~~~~

谢谢！
回复此楼
无个性，不签名。
5楼2020-01-03 19:21:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tatum

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by biogefart at 2019-11-12 12:05:57
当然要保留辅酶了，为什么一定要用几个方法都docking成功呢，分析结果往下走就行了

因为CDOCKER对接精准一些。
赞一下 回复此楼
无个性，不签名。
6楼2020-01-03 19:22:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pl910

禁虫 (小有名气)
本帖内容被屏蔽
7楼2020-01-04 16:30:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pl955

禁虫 (小有名气)
本帖内容被屏蔽
8楼2020-01-08 10:47:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pl815

禁虫 (小有名气)
本帖内容被屏蔽
9楼2020-01-09 14:45:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xxxx666

新虫 (初入文坛)
楼主解决了吗？我也遇到这个问题，请问一下您是怎么解决的？

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
10楼2020-03-04 22:14:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 tatum 的主题更新
101/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 311求调剂 +5 冬十三 2026-03-15 5/250 2026-03-15 18:38 by 无际的草原
[考研] 085600材料与化工 求调剂 +11 enenenhui 2026-03-13 12/600 2026-03-14 21:48 by laoshidan
[考研] 328求调剂 +3 5201314Lsy！ 2026-03-13 6/300 2026-03-14 15:31 by hyswxzs
[考研] 材料与化工（0856）304求B区调剂 +7 邱gl 2026-03-10 11/550 2026-03-14 12:18 by 邱gl
[考研] 材料080500调剂求收留 +3 一颗meteor 2026-03-13 3/150 2026-03-14 10:54 by peike
[考研] 一志愿中国科学技术大学，086000，生物与医药，求调剂 +3 12341234789 2026-03-08 4/200 2026-03-14 03:14 by JourneyLucky
[考研] 308求调剂 +3 是Lupa啊 2026-03-09 3/150 2026-03-14 02:55 by JourneyLucky
[考研] 327求调剂 +4 Ffff03 2026-03-10 4/200 2026-03-14 00:17 by JourneyLucky
[考研] 2026考研调剂+本科延边大学+山东大学+生物化学与分子生物学+有项目经验 +3 ccdsscjy 2026-03-10 3/150 2026-03-14 00:12 by JourneyLucky
[硕博家园] 深圳大学硕士招生（2026秋，传感器方向，仅录取第一志愿） +4 xujiaoszu 2026-03-11 7/350 2026-03-13 17:28 by xujiaoszu
[考研] 328化工专硕求调剂 +4 。，。，。，。i 2026-03-12 4/200 2026-03-13 14:44 by JourneyLucky
[考研] 085600材料与化工 309分请求调剂 +7 dtdxzxx 2026-03-12 8/400 2026-03-13 14:43 by jxchenghu
[考研] 一志愿山大07化学 332分 四六级已过 本科山东双非 求调剂！ +3 不想理你 2026-03-12 3/150 2026-03-13 14:18 by JourneyLucky
[论文投稿] 投稿问题 5+4 星光灿烂xt 2026-03-12 6/300 2026-03-13 14:17 by god_tian
[考研] 一志愿华中师范071000，325求调剂 +5 RuitingC 2026-03-12 5/250 2026-03-13 10:43 by hyswxzs
[考研] 08食品或轻工求调剂，本科发表3篇sci一区top论文，一志愿南师大食品科学与工程 +3 我是一个兵， 2026-03-10 3/150 2026-03-13 10:21 by Yuyi.
[考研] 290求调剂 +3 ADT 2026-03-13 3/150 2026-03-13 10:19 by peike
[考研] 工科0856专硕化学工程269能调剂吗 +10 我想读研11 2026-03-10 10/500 2026-03-13 10:14 by Yuyi.
[考研] 085602化工求调剂 +7 董boxing 2026-03-10 7/350 2026-03-10 17:07 by BruceLiu320
[考研] 327分求调剂086 +4 西红柿?小帅 2026-03-09 7/350 2026-03-10 14:47 by ruiyingmiao
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭