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tatum木虫 (正式写手)
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关于DS对接时辅酶的处理 已有1人参与
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请教大家个问题，在使用discovery studio进行对接时，有些酶，例如醇脱氢酶，转氨酶等，带有辅酶NAD或者PLP，在对接的时候，怎么处理的？ 例如转氨酶 1M32，pdb中带有PLP辅酶，这个辅酶和配体同时存在于活性口袋，在反应时要参与反应。 但是，我在对接的时候，如果保留PLP，再与其它配体进行对接，只有LiDock可以进行下去，Gold和CDock都会报错，只有删掉PLP之后才能继续进行对接，但删掉PLP的对接结果可能与实际情况差别很大。 请问大家是怎么做的，是不是我操作有误？ |
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3楼2020-01-02 11:18:02
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4楼2020-01-03 14:27:08
tatum
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5楼2020-01-03 19:21:41
tatum
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6楼2020-01-03 19:22:04
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7楼2020-01-04 16:30:54
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8楼2020-01-08 10:47:57
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9楼2020-01-09 14:45:02
10楼2020-03-04 22:14:24