应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 关于DS对接时辅酶的处理
101/1返回列表
查看: 1828  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

tatum

木虫 (正式写手)

[求助] 关于DS对接时辅酶的处理 已有1人参与

请教大家个问题，在使用discovery studio进行对接时，有些酶，例如醇脱氢酶，转氨酶等，带有辅酶NAD或者PLP，在对接的时候，怎么处理的？
例如转氨酶 1M32，pdb中带有PLP辅酶，这个辅酶和配体同时存在于活性口袋，在反应时要参与反应。
但是，我在对接的时候，如果保留PLP，再与其它配体进行对接，只有LiDock可以进行下去，Gold和CDock都会报错，只有删掉PLP之后才能继续进行对接，但删掉PLP的对接结果可能与实际情况差别很大。
请问大家是怎么做的，是不是我操作有误？
回复此楼

» 猜你喜欢
无个性，不签名。
1楼 2019-11-05 14:24:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

biogefart

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

当然要保留辅酶了，为什么一定要用几个方法都docking成功呢，分析结果往下走就行了
赞一下(1人) 回复此楼
闹太套
2楼2019-11-12 12:05:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pl927

禁虫 (小有名气)
本帖内容被屏蔽
3楼2020-01-02 11:18:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pl980

禁虫 (小有名气)
本帖内容被屏蔽
4楼2020-01-03 14:27:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tatum

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by pl980 at 2020-01-03 14:27:08
支持一下吧~~~~~~~~~~~~~~~~~~

谢谢！
回复此楼
无个性，不签名。
5楼2020-01-03 19:21:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tatum

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by biogefart at 2019-11-12 12:05:57
当然要保留辅酶了，为什么一定要用几个方法都docking成功呢，分析结果往下走就行了

因为CDOCKER对接精准一些。
赞一下 回复此楼
无个性，不签名。
6楼2020-01-03 19:22:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pl910

禁虫 (小有名气)
本帖内容被屏蔽
7楼2020-01-04 16:30:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pl955

禁虫 (小有名气)
本帖内容被屏蔽
8楼2020-01-08 10:47:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pl815

禁虫 (小有名气)
本帖内容被屏蔽
9楼2020-01-09 14:45:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xxxx666

新虫 (初入文坛)
楼主解决了吗？我也遇到这个问题，请问一下您是怎么解决的？

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
10楼2020-03-04 22:14:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 tatum 的主题更新
101/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 289求调剂 +15 硕星赴 2026-03-23 15/750 2026-03-26 02:16 by BruceLiu320
[考研] 一志愿 西北大学 总分282 英语一62 求调剂 +3 18419759900 2026-03-25 3/150 2026-03-25 23:20 by peike
[考研] 北科281学硕材料求调剂 +14 tcxiaoxx 2026-03-20 16/800 2026-03-25 23:14 by peike
[考研] 347求调剂 +4 L when 2026-03-25 4/200 2026-03-25 13:37 by cocolv
[考研] 求调剂 +3 李李不服输 2026-03-25 3/150 2026-03-25 13:03 by cmz0325
[考研] 281求调剂 +4 Koxui 2026-03-24 5/250 2026-03-25 11:38 by userper
[考研] 考研化学308分求调剂 +10 你好明天你好 2026-03-23 11/550 2026-03-25 10:23 by userper
[考研] 求调剂 一志愿 本科 北科大 化学 343 +4 13831862839 2026-03-24 5/250 2026-03-25 09:47 by 无际的草原
[考研] 材料调剂 +6 匹克i 2026-03-23 6/300 2026-03-24 21:09 by greychen00
[考研] 0854 考研调剂 招生了！AI 方向 +5 pk3725069 2026-03-19 17/850 2026-03-24 17:30 by zhouxuan..
[考博] 申博26年 +4 八6八68 2026-03-19 4/200 2026-03-24 15:49 by 小Ben呵呵
[考研] 环境学硕288求调剂 +8 皮皮皮123456 2026-03-22 8/400 2026-03-23 23:47 by 热情沙漠
[考研] 一志愿国科过程所081700，274求调剂 +3 三水研0水立方 2026-03-23 3/150 2026-03-23 23:11 by MajorWen
[考研] 306求调剂 +5 来好运来来来 2026-03-22 5/250 2026-03-22 16:17 by BruceLiu320
[考研] 生物学调剂 +5 Surekei 2026-03-21 5/250 2026-03-22 14:39 by tcx007
[基金申请] 学校已经提交到NSFC，还能修改吗？ 40+4 babangida 2026-03-19 9/450 2026-03-21 16:12 by babangida
[考研] 一志愿武汉理工材料工程专硕调剂 +9 Doleres 2026-03-19 9/450 2026-03-20 22:36 by JourneyLucky
[考研] 329求调剂 +9 想上学吖吖 2026-03-19 9/450 2026-03-20 22:01 by luoyongfeng
[考研] 261求B区调剂，科研经历丰富 +3 牛奶很忙 2026-03-20 4/200 2026-03-20 19:34 by JourneyLucky
[考研] 材料考研调剂 +3 xwt。 2026-03-19 3/150 2026-03-19 11:22 by w沐阳w
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭