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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 关于DS对接时辅酶的处理
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tatum

木虫 (正式写手)

[求助] 关于DS对接时辅酶的处理 已有1人参与

请教大家个问题，在使用discovery studio进行对接时，有些酶，例如醇脱氢酶，转氨酶等，带有辅酶NAD或者PLP，在对接的时候，怎么处理的？
例如转氨酶 1M32，pdb中带有PLP辅酶，这个辅酶和配体同时存在于活性口袋，在反应时要参与反应。
但是，我在对接的时候，如果保留PLP，再与其它配体进行对接，只有LiDock可以进行下去，Gold和CDock都会报错，只有删掉PLP之后才能继续进行对接，但删掉PLP的对接结果可能与实际情况差别很大。
请问大家是怎么做的，是不是我操作有误？
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无个性，不签名。
1楼 2019-11-05 14:24:14
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tatum

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by pl980 at 2020-01-03 14:27:08
支持一下吧~~~~~~~~~~~~~~~~~~

谢谢！
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无个性，不签名。
5楼2020-01-03 19:21:41
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biogefart

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

当然要保留辅酶了，为什么一定要用几个方法都docking成功呢，分析结果往下走就行了
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闹太套
2楼2019-11-12 12:05:57
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pl980

禁虫 (小有名气)
本帖内容被屏蔽
4楼2020-01-03 14:27:08
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tatum

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by biogefart at 2019-11-12 12:05:57
当然要保留辅酶了，为什么一定要用几个方法都docking成功呢，分析结果往下走就行了

因为CDOCKER对接精准一些。
赞一下 回复此楼
无个性，不签名。
6楼2020-01-03 19:22:04
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