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paopaomeng

铁杆木虫 (著名写手)

[交流] 求助桥连水上如何加氢,必谢!

我有个晶体,上面有几个桥连水分子,通过Q峰加上氢后,感觉位置很别扭,那位高手指点一下呀,谢谢了!!
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经历了“删除门”,有点晕!
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alusia

金虫 (正式写手)

没有具体命令,就是数学问题,你看O周围有没有什么其他O或N距离在3.0以内,通过这两个原子的坐标算出他们之间的H的坐标就可以了.
思念
7楼2009-06-08 22:05:13
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caty

至尊木虫 (著名写手)

小木虫潜水俱乐部名誉主席

★ ★ ★
paopaomeng(金币+3,VIP+0):谢谢交流,键角不合适的,键长可以限制的 6-7 07:24
通过Q峰加上的氢,即使感觉位置很别扭也应该采用,除非键长或键角出现异常。一般而言,像这种氢,最好通过Q峰加上,最多对键长和键角加常规限定,实在找不到,才考虑理论加氢。
谋事在人,成事在天
3楼2009-06-07 00:07:55
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liutaone

木虫 (正式写手)


★ ★
paopaomeng(金币+2,VIP+0):游离的水这样加没问题,但是我那是桥连水,这样不行呀,还有别的办法吗?谢谢 6-7 11:40
水上的氢都是要限制的,用Q峰定了后,在ins命令里加DFIX 0.96 O1 H1 O1 H2
DFIX 1.52 H1 H2,这样看着就好多了
4楼2009-06-07 11:29:18
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liutaone

木虫 (正式写手)


如果实在不行就不用加了,解释一下就可以了,我的好多结构水都有没加氢的
5楼2009-06-07 12:24:57
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