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paopaomeng

铁杆木虫 (著名写手)

[交流] 求助桥连水上如何加氢,必谢!

我有个晶体,上面有几个桥连水分子,通过Q峰加上氢后,感觉位置很别扭,那位高手指点一下呀,谢谢了!!
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经历了“删除门”,有点晕!
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
paopaomeng(金币+3,VIP+0):数据不错的,就是加上后键角不对 6-7 07:24
paopaomeng(金币+9,VIP+0):谢谢了,xi2004,这是我自己的金币呀,你要证明,哈哈 6-7 20:36
数据好不好呢?
xi2004-emuch@163.com
2楼2009-06-06 23:32:11
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caty

至尊木虫 (著名写手)

小木虫潜水俱乐部名誉主席

★ ★ ★
paopaomeng(金币+3,VIP+0):谢谢交流,键角不合适的,键长可以限制的 6-7 07:24
通过Q峰加上的氢,即使感觉位置很别扭也应该采用,除非键长或键角出现异常。一般而言,像这种氢,最好通过Q峰加上,最多对键长和键角加常规限定,实在找不到,才考虑理论加氢。
谋事在人,成事在天
3楼2009-06-07 00:07:55
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liutaone

木虫 (正式写手)


★ ★
paopaomeng(金币+2,VIP+0):游离的水这样加没问题,但是我那是桥连水,这样不行呀,还有别的办法吗?谢谢 6-7 11:40
水上的氢都是要限制的,用Q峰定了后,在ins命令里加DFIX 0.96 O1 H1 O1 H2
DFIX 1.52 H1 H2,这样看着就好多了
4楼2009-06-07 11:29:18
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liutaone

木虫 (正式写手)


如果实在不行就不用加了,解释一下就可以了,我的好多结构水都有没加氢的
5楼2009-06-07 12:24:57
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alusia

金虫 (正式写手)

★ ★
paopaomeng(金币+2,VIP+0):谢谢,能具体说说命令什么的吗? 6-7 13:21
理乱加,具体的说,就是根据可能存在的氢键来手工加上H的位置坐标,(不是通过HADD这类指令加),数据可以做到很好,当然,这么做有点 人工 的嫌疑,但是话说回来,常规X衍射对H本来就是不准确的,从Q找也不一定准确,特别是Q值比较大比如Q20, Q30之类的时候更是没什么合理性可言。所以这样做我认为没什么不能接受。相反 ,H在结构中的稳定往往是在H键的作用下实现的,通过H键来确定H的位置基本上还是合理的,虽然由于H键的X....H....X往往存在一定角度的原因,理论找的和事实上会有所偏移实际位置。

[ Last edited by alusia on 2009-6-7 at 13:04 ]
思念
6楼2009-06-07 13:01:48
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alusia

金虫 (正式写手)

没有具体命令,就是数学问题,你看O周围有没有什么其他O或N距离在3.0以内,通过这两个原子的坐标算出他们之间的H的坐标就可以了.
思念
7楼2009-06-08 22:05:13
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