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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 请问用lammps如何建立水分子
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Myprayert

木虫 (正式写手)

[求助] 请问用lammps如何建立水分子 已有1人参与

请问用lammps如何建立水分子，十分感谢
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1楼 2019-10-22 00:18:11
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
Myprayert: 金币+50, ★★★★★最佳答案 2019-10-22 16:56:05
最简单的，VMD 建好了之后，用topo writelammpsdata water.data，就可以建好了
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2楼2019-10-22 09:32:00
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Myprayert

木虫 (正式写手)
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3楼2019-10-22 16:39:07
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Myprayert

木虫 (正式写手)
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4楼2019-10-22 16:55:49
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
引用回帖:
4楼: Originally posted by Myprayert at 2019-10-22 16:55:49
老师，请问vmd能统计某一区域的原子个数吗？...

可以，比如，我想统计z>50  且 z<100 这个区域中水分子的个数，可以使用下面的命令：

set sel [atomselect top "type OW and z>50 and z<100 "]
$sel num

这时在VMD tkConsole的界面中，显示的就是水分子中的氧原子个数，即水分子个数。
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Myprayert
5楼2019-10-23 08:41:16
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Myprayert

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6楼2019-10-23 18:48:00
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