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Myprayert

木虫 (正式写手)

[求助] 请问用lammps如何建立水分子 已有1人参与

请问用lammps如何建立水分子,十分感谢
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jiaoyixiong

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【答案】应助回帖

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感谢参与,应助指数 +1
Myprayert: 金币+50, ★★★★★最佳答案 2019-10-22 16:56:05
最简单的,VMD 建好了之后,用topo writelammpsdata water.data,就可以建好了
2楼2019-10-22 09:32:00
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Myprayert

木虫 (正式写手)

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3楼2019-10-22 16:39:07
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Myprayert

木虫 (正式写手)

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4楼2019-10-22 16:55:49
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

引用回帖:
4楼: Originally posted by Myprayert at 2019-10-22 16:55:49
老师,请问vmd能统计某一区域的原子个数吗?...

可以,比如,我想统计z>50  且 z<100 这个区域中水分子的个数,可以使用下面的命令:

set sel [atomselect top "type OW and z>50 and z<100 "]
$sel num

这时在VMD tkConsole的界面中,显示的就是水分子中的氧原子个数,即水分子个数。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

5楼2019-10-23 08:41:16
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Myprayert

木虫 (正式写手)

送红花一朵
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6楼2019-10-23 18:48:00
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