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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 关于dmol3计算表面吸附分子电荷转移的问题请教
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青涩的小学弟

新虫 (初入文坛)

[求助] 关于dmol3计算表面吸附分子电荷转移的问题请教

请问高手，在用dmol3模拟小分子表面吸附的过程时，电荷转移具体是怎么得到的？
我重复了MoS2吸附气体小分子的论文，用论文里的方法计算的结构和吸附能都符合，只有电荷转移与论文中的结果不符。论文也是用的Hirshfeld计算的。
我在计算时，是勾选了population analysis——Hirshfeld analysis——  charge ——run 然后在outmol中直接将Hirshfeld 下面charge 的读数与文献中作对比，每次都符合不上。想请问一下 ，实际是的电荷转移是怎么得到的，是有什么式子吗？？

就比如我只算一个小分子的电荷转移，都与文献的结果差很多，下面是我算用GGA-PBE算的一个H2S在格子里的电荷转移，直接找到outmol中的Hirshfeld分析

Charge partitioning by Hirshfeld method: (  0.0005   -0.0000)
  H     1 charge   spin                    0.0495   -0.0000
  H     2 charge   spin                    0.0495    0.0000
  S     3 charge   spin                   -0.0985    0.0000
请问，我能直接说S原子带-0.0985的负电荷吗？

基础比较薄弱，这个问题困扰好几天了，请高手指教
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1楼 2019-09-06 11:01:40
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
引用回帖:
7楼: Originally posted by 青涩的小学弟 at 2019-09-08 10:16:36
明白了。谢谢老师指教， 老师您说的电荷密度差用doml算的话，对于表面吸附体系，Total density 、Deformation density、Spin density 这三者优先以哪个为主呢...

就是电荷密度差，即charge density difference，不是Total density 、Deformation density、Spin density，这个你得想办法把相互作用的片段用相同精度、相同基组、相同截断半径、相同k点、相同周期性边界、相同的格点密度分别进行计算后得到的grd文件进行做差得到。
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青涩的小学弟
不一定挂在论坛，计算问题问题欢迎留言。
8楼2019-09-08 11:25:23
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青涩的小学弟

新虫 (初入文坛)
请问，吸附分子的带电量怎么计算啊，是放在格子里吗，还是直接几何优化得到原子带电量
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3楼2019-09-06 18:48:11
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
引用回帖:
3楼: Originally posted by 青涩的小学弟 at 2019-09-06 18:48:11
请问，吸附分子的带电量怎么计算啊，是放在格子里吗，还是直接几何优化得到原子带电量

1、分子不用放到格子里面。
2、MS版本不同结果可能会有些许差异，对于Hirshfeld应该不会很敏感。
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青涩的小学弟
不一定挂在论坛，计算问题问题欢迎留言。
4楼2019-09-07 04:59:14
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青涩的小学弟

新虫 (初入文坛)
送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by 卡开发发 at 2019-09-07 04:59:14
1、分子不用放到格子里面。
2、MS版本不同结果可能会有些许差异，对于Hirshfeld应该不会很敏感。...

谢谢老师回复。
老师您好，那我计算分子表面吸附电荷转移通过population analysis——Hirshfeld analysis——  charge ——run 过程得到输出文件里读取分子的charge值就是分子转移的电荷量吗？
还是应该与单独分子下的charge量作对比才行？  谢谢老师指教


麻烦您点个应助呀
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5楼2019-09-07 11:16:14
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