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青涩的小学弟

新虫 (初入文坛)

[求助] 关于dmol3计算表面吸附分子电荷转移的问题请教

请问高手,在用dmol3模拟小分子表面吸附的过程时,电荷转移具体是怎么得到的?
我重复了MoS2吸附气体小分子的论文,用论文里的方法计算的结构和吸附能都符合,只有电荷转移与论文中的结果不符。论文也是用的Hirshfeld计算的。
我在计算时,是勾选了population analysis——Hirshfeld analysis——  charge ——run 然后在outmol中直接将Hirshfeld 下面charge 的读数与文献中作对比,每次都符合不上。想请问一下 ,实际是的电荷转移是怎么得到的,是有什么式子吗??

就比如我只算一个小分子的电荷转移,都与文献的结果差很多,下面是我算用GGA-PBE算的一个H2S在格子里的电荷转移,直接找到outmol中的Hirshfeld分析

Charge partitioning by Hirshfeld method: (  0.0005   -0.0000)
  H     1 charge   spin                    0.0495   -0.0000
  H     2 charge   spin                    0.0495    0.0000
  S     3 charge   spin                   -0.0985    0.0000
请问,我能直接说S原子带-0.0985的负电荷吗?

基础比较薄弱,这个问题困扰好几天了,请高手指教
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青涩的小学弟

新虫 (初入文坛)

送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by 卡开发发 at 2019-09-07 04:59:14
1、分子不用放到格子里面。
2、MS版本不同结果可能会有些许差异,对于Hirshfeld应该不会很敏感。...

谢谢老师回复。
老师您好,那我计算分子表面吸附电荷转移通过population analysis——Hirshfeld analysis——  charge ——run 过程得到输出文件里读取分子的charge值就是分子转移的电荷量吗?
还是应该与单独分子下的charge量作对比才行?  谢谢老师指教


麻烦您点个应助呀
5楼2019-09-07 11:16:14
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青涩的小学弟

新虫 (初入文坛)

请问,吸附分子的带电量怎么计算啊,是放在格子里吗,还是直接几何优化得到原子带电量
3楼2019-09-06 18:48:11
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur

引用回帖:
3楼: Originally posted by 青涩的小学弟 at 2019-09-06 18:48:11
请问,吸附分子的带电量怎么计算啊,是放在格子里吗,还是直接几何优化得到原子带电量

1、分子不用放到格子里面。
2、MS版本不同结果可能会有些许差异,对于Hirshfeld应该不会很敏感。

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不一定挂在论坛,计算问题问题欢迎留言。
4楼2019-09-07 04:59:14
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur

引用回帖:
5楼: Originally posted by 青涩的小学弟 at 2019-09-07 11:16:14
谢谢老师回复。
老师您好,那我计算分子表面吸附电荷转移通过population analysis——Hirshfeld analysis——  charge ——run 过程得到输出文件里读取分子的charge值就是分子转移的电荷量吗?
还是应该与单独分 ...

那个是分子带的净电荷量(也就是分子各个原子布居分析得到的电子数目减去原子核电荷数),然后需要对相互作用前后的这个量进行做差得到的才是电荷转移的量。

不过既然是布居分析,那么划分的方法不同结果总是会有些差异,其实不妨看看电荷密度差的情况结合来说明。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

不一定挂在论坛,计算问题问题欢迎留言。
6楼2019-09-07 13:41:45
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