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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 关于dmol3计算表面吸附分子电荷转移的问题请教
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青涩的小学弟

新虫 (初入文坛)

[求助] 关于dmol3计算表面吸附分子电荷转移的问题请教

请问高手，在用dmol3模拟小分子表面吸附的过程时，电荷转移具体是怎么得到的？
我重复了MoS2吸附气体小分子的论文，用论文里的方法计算的结构和吸附能都符合，只有电荷转移与论文中的结果不符。论文也是用的Hirshfeld计算的。
我在计算时，是勾选了population analysis——Hirshfeld analysis——  charge ——run 然后在outmol中直接将Hirshfeld 下面charge 的读数与文献中作对比，每次都符合不上。想请问一下 ，实际是的电荷转移是怎么得到的，是有什么式子吗？？

就比如我只算一个小分子的电荷转移，都与文献的结果差很多，下面是我算用GGA-PBE算的一个H2S在格子里的电荷转移，直接找到outmol中的Hirshfeld分析

Charge partitioning by Hirshfeld method: (  0.0005   -0.0000)
  H     1 charge   spin                    0.0495   -0.0000
  H     2 charge   spin                    0.0495    0.0000
  S     3 charge   spin                   -0.0985    0.0000
请问，我能直接说S原子带-0.0985的负电荷吗？

基础比较薄弱，这个问题困扰好几天了，请高手指教
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1楼 2019-09-06 11:01:40
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青涩的小学弟

新虫 (初入文坛)
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2楼2019-09-06 11:18:18
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青涩的小学弟

新虫 (初入文坛)
请问，吸附分子的带电量怎么计算啊，是放在格子里吗，还是直接几何优化得到原子带电量
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3楼2019-09-06 18:48:11
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卡开发发

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Ab Initio Amateur
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3楼: Originally posted by 青涩的小学弟 at 2019-09-06 18:48:11
请问，吸附分子的带电量怎么计算啊，是放在格子里吗，还是直接几何优化得到原子带电量

1、分子不用放到格子里面。
2、MS版本不同结果可能会有些许差异，对于Hirshfeld应该不会很敏感。
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青涩的小学弟
不一定挂在论坛，计算问题问题欢迎留言。
4楼2019-09-07 04:59:14
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青涩的小学弟

新虫 (初入文坛)
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引用回帖:
4楼: Originally posted by 卡开发发 at 2019-09-07 04:59:14
1、分子不用放到格子里面。
2、MS版本不同结果可能会有些许差异，对于Hirshfeld应该不会很敏感。...

谢谢老师回复。
老师您好，那我计算分子表面吸附电荷转移通过population analysis——Hirshfeld analysis——  charge ——run 过程得到输出文件里读取分子的charge值就是分子转移的电荷量吗？
还是应该与单独分子下的charge量作对比才行？  谢谢老师指教


麻烦您点个应助呀
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5楼2019-09-07 11:16:14
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
引用回帖:
5楼: Originally posted by 青涩的小学弟 at 2019-09-07 11:16:14
谢谢老师回复。
老师您好，那我计算分子表面吸附电荷转移通过population analysis——Hirshfeld analysis——  charge ——run 过程得到输出文件里读取分子的charge值就是分子转移的电荷量吗？
还是应该与单独分 ...

那个是分子带的净电荷量（也就是分子各个原子布居分析得到的电子数目减去原子核电荷数），然后需要对相互作用前后的这个量进行做差得到的才是电荷转移的量。

不过既然是布居分析，那么划分的方法不同结果总是会有些差异，其实不妨看看电荷密度差的情况结合来说明。
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青涩的小学弟
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6楼2019-09-07 13:41:45
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青涩的小学弟

新虫 (初入文坛)
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引用回帖:
6楼: Originally posted by 卡开发发 at 2019-09-07 13:41:45
那个是分子带的净电荷量（也就是分子各个原子布居分析得到的电子数目减去原子核电荷数），然后需要对相互作用前后的这个量进行做差得到的才是电荷转移的量。

不过既然是布居分析，那么划分的方法不同结果总是会 ...

明白了。谢谢老师指教， 老师您说的电荷密度差用doml算的话，对于表面吸附体系，Total density 、Deformation density、Spin density 这三者优先以哪个为主呢
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7楼2019-09-08 10:16:36
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

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引用回帖:
7楼: Originally posted by 青涩的小学弟 at 2019-09-08 10:16:36
明白了。谢谢老师指教， 老师您说的电荷密度差用doml算的话，对于表面吸附体系，Total density 、Deformation density、Spin density 这三者优先以哪个为主呢...

就是电荷密度差，即charge density difference，不是Total density 、Deformation density、Spin density，这个你得想办法把相互作用的片段用相同精度、相同基组、相同截断半径、相同k点、相同周期性边界、相同的格点密度分别进行计算后得到的grd文件进行做差得到。
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青涩的小学弟
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8楼2019-09-08 11:25:23
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青涩的小学弟

新虫 (初入文坛)
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引用回帖:
8楼: Originally posted by 卡开发发 at 2019-09-08 11:25:23
就是电荷密度差，即charge density difference，不是Total density 、Deformation density、Spin density，这个你得想办法把相互作用的片段用相同精度、相同基组、相同截断半径、相同k点、相同周期性边界、相同的格 ...

谢谢您老师，明白了，您提的这个做法我在其他帖子的应助下看到您回复过，我去学习一下，非常感谢您
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9楼2019-09-09 16:30:06
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